Fine-mapping of a putative glutathione S-transferase (GST) gene responsible for yellow seed colour in flax (Linum usitatissimum)
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: The brown seed coat colour of flax (Linum ustiatissimum) results from proanthocyanidin synthesis and accumulation. Glutathione S-transferases (GSTs), such as the TT19 protein in Arabidopsis, have been implicated in the transport of anthocyanidins during the synthesis of the brown proanthocyanidins. This study fine mapped the g allele responsible for yellow seed colour in S95407 and identified it as a putative mutated GST. RESULTS: We developed a Recombinant Inbred Line population with 320 lines descended from a cross between CDC Bethune (brown seed coat) and S95407 (yellow seed) and used molecular markers to fine map the G gene on Chromosome 6 (Chr 6). We used Next Generation Sequencing (NGS) to identify a putative GST was identified in this region and Sanger sequenced the gene from CDC Bethune, S95407 and other yellow seeded genotypes. The putative GST from S95407 had 13 SNPs encoding, including four non-synonymous amino acid changes, compared to the CDC Bethune reference sequence and the other genotypes. The GST encoded by Lus10019895 is a lambda-GST in contrast to the Arabidopsis TT19 which is a phi-GST.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».