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Enregistrement W4212950928 · doi:10.3389/fphys.2021.758458

N-(3-Oxododecanoyl) Homoserine Lactone Is a Generalizable Plasma Membrane Lipid-Ordered Domain Modifier

2022· article· en· W4212950928 sur OpenAlexafffund
Hefei Ruan, Chunlin Zou, Yanni Xu, Xiaohong Fang, Tie Xia, Yan Shi

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Physiology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaChinese Academy of Agricultural SciencesCanadian Institutes of Health ResearchChina Postdoctoral Science FoundationTsinghua UniversityNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésMembraneLipid IIChemistryLipid raftBiophysicsHomoserineCholesterolLipid bilayerBiochemistryBiologyCell wall

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A mammalian plasma membrane is a structure on which several layers of complexity are built. The first order of complexity comes from the heterogeneity of lipid-ordered domains. Gangliosides in concert with cholesterol are preferentially packed on the outer leaflet and form lipid-ordered domains, commonly known as lipid rafts. The formation and dynamics of these domains impact nearly all membrane protein functions and are an intensely studied topic. However, tools suited for lipid domain alteration are extremely limited. Currently, methyl-β-cyclodextrin (MβCD) appears to be the most common way to disrupt lipid domains, which is believed to operate via cholesterol extraction. This significantly limits our ability in membrane biophysics research. Previously, we found that N-(3-oxo-dodecanoyl) homoserine lactone (3oc), a small signaling chemical produced by Pseudomonas aeruginosa, is highly efficient in altering lipid-ordered domains. In this study, 3oc was compared with MβCD in a series of biochemical, biophysical, and cell biological analyses. Per molarity, 3oc is more efficient than MβCD in domain alteration and appears to better retain membrane lipids after treatment. This finding will provide an essential reagent in membrane biophysics research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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