The S-layer homology domains of Paenibacillus alvei surface protein SpaA bind to cell wall polysaccharide through the terminal monosaccharide residue
Notice bibliographique
Résumé
Self-assembling (glyco)protein surface layers (S-layers) are ubiquitous prokaryotic cell-surface structures involved in structural maintenance, nutrient diffusion, host adhesion, virulence, and other processes, which makes them appealing targets for therapeutics and biotechnological applications as biosensors or drug delivery systems.However, unlocking this potential requires expanding our understanding of S-layer properties, especially the details of surface-attachment.S-layers of Gram-positive bacteria often are attached through the interaction of S-layer homology (SLH) domain trimers with peptidoglycan-linked secondary cell wall polymers (SCWPs).Cocrystal structures of the SLH domain trimer from the Paenibacillus alvei S-layer protein SpaA (SpaA SLH ) with synthetic, terminal SCWP disaccharide and trisaccharide analogs, together with isothermal titration calorimetry binding analyses, reveal that while SpaA SLH accommodates longer biologically relevant SCWP ligands within both its primary (G2) and secondary (G1) binding sites, the terminal pyruvylated ManNAc moiety serves as the nearly exclusive SCWP anchoring point.Binding is accompanied by displacement of a flexible loop adjacent to the receptor site that enhances the complementarity between protein and ligand, including electrostatic complementarity with the terminal pyruvate moiety.Remarkably, binding of the pyruvylated monosaccharide SCWP fragment alone is sufficient to cause rearrangement of the receptor-binding sites in a manner necessary to accommodate longer SCWP fragments.The observation of multiple conformations in longer oligosaccharides bound to the protein, together with the demonstrated functionality of two of the three SCWP receptor-binding sites, reveals how the SpaA SLH -SCWP interaction has evolved to accommodate longer SCWP ligands and alleviate the strain inherent to bacterial S-layer adhesion during growth and division.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».