Differential expression of <scp><i>HNF1A</i></scp> and <scp><i>HNF1A‐AS1</i></scp> in colon cancer cells
Notice bibliographique
Résumé
The human hepatocyte nuclear factor 1 homeobox A (HNF1A) gene loci express the protein-coding HNF1A transcript and a long non-coding RNA in the anti-sense (HNF1A-AS1) direction. HNF1A-AS1 is expressed in numerous types of cancers and poor clinical outcomes such as higher mortality rates, greater metastatic capacity, and poor prognosis of the disease are the results of this expression. In this study, we determined the epigenetic features of the HNF1A gene loci, and expression and cellular localization of HNF1A-AS1 RNA, HNF1A RNA, and HNF1A protein in colorectal cancer (HT-29, HTC116, RKO, and SW480) and normal colon epithelial (CCD841) cells. The HT-29 HNF1A gene had active histone marks (H3K4me3, H3K27ac) and DNase 1 accessible sites at the promoter regions of the HNF1A and HNF1A-AS1 genes. These epigenetic marks were not observed in the other colorectal cancer cells or in the normal colon epithelial cells. Consistent with the active gene epigenetic signature of the HNF1A gene in HT-29 cells, HNF1A protein, and HNF1A/HNF1A-AS1 transcripts were detected in HT-29 cells but poorly, if at all observed, in the other cell types. In HT-29 cells, HNF1A-AS1 localized to the nucleus and was found to bind to the enhancer of zeste homolog 2 (EZH2, a member of PRC2 complex) and potentially form RNA-DNA triplexes with DNase 1 accessible sites in the HT-29 genome. These activities of HNF1A-AS1 may contribute to the oncogenic properties of this long non-coding RNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».