A46 BIOGEOGRAPHIC VARIATION AND FUNCTIONAL PATHWAYS OF THE GUT MICROBIOTA IN CELIAC DISEASE
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Genes and gluten are necessary, but insufficient to cause celiac disease (CeD), as risk alleles (DQ2 or DQ8) are prevalent in ~30–40% of the healthy population consuming gluten. Gut microbiota shifts and infections have been proposed as risk modulators. Biogeographic characterization of the microbiota in CeD patients and its functional significance are limited, particularly at the duodenum, the main site of inflammation. Aims We studied microbiota composition and predicted function along the gastrointestinal tract and investigated the impact of host genetics and CeD activity. Methods We used 16S rRNA gene sequencing (Illumina) and predicted gene function analysis (PICRUSt2), to study the microbiota in duodenal biopsies (D1, D2 and D3), duodenal aspirates, and fecal samples from patients with active CeD (n= 24) (biopsy and serology confirmed) and controls (non-celiac, n= 41). CeD alleles were determined in consented participants using DQ-CD typing. Small intestinal samples from controls (DQ2-/- = 14; DQ2+/- = 7) and CeD (DQ2+/- = 12) were used for further analysis and to colonize C57BL/6 germ-free mice for gluten metabolism studies. Results Microbiota community composition and predicted function was mainly determined by intestinal location (P= 0.001). Within the duodenum, but not in stool, CeD patients had increased abundance of opportunistic pathogens. Escherichia coli was increased in D1, Streptococcus pneumoniae in D2, and Neisseria in D3 versus controls. Predicted bacterial protease and peptidase genes were altered in CeD DQ2+/- patients versus DQ2-/- controls. In DQ2+/- controls, fewer predicted bacterial genes were altered compared to CeD DQ2+/- patients. Impaired capacity to metabolize gluten was confirmed in germ-free mice colonized with microbiota from CeD (DQ2+/-), but not DQ2+/- or DQ2-/- controls. Conclusions In the duodenum, CeD is associated with increased opportunistic pathogens and altered bacterial proteolytic profile. These are not determined by genetic predisposition, as CeD and controls with similar genetic background differed in its predicted bacterial proteolytic function, which was confirmed in mice colonized with duodenal microbiota using these cohorts. Our study highlights the need for defining sampling location in studies investigating the role of microbiota in CeD. Funding Agencies CAG, CCC, CIHR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».