The alarming coincidence of toxin genes with staphylococcal cassette Chromosome mec (SCCmec) in clinical MRSA isolates
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus is an opportunistic pathogen causing infections with high morbidity and mortality. MRSA isolates which harbor Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) and express various types of toxins are the most serious strains. Type of SCCmec and common toxin genes (TGs) among MRSA isolates were investigated in the current study. SCCmec and TGs were detected by multiplex-PCR. Possible correlations between SCCmec and TGs were elucidated statistically using IBM-SPSS software. Staphylococcus-enterotoxins (SEs) were sequenced to investigate their genetic relatedness using Sanger-sequencing, and MEGAX software. MRSA were detected in 124 isolates, 67 of MRSA isolates (54 %) were harboring a single SCCmec with 40, 21, 5 and 1 isolate for SCCmec II, SCCmec III, SCCmec IV, and SCCmec V, respectively. Furthermore, Four isolates (3.2 %) had both SCCmec II and SCCmec IV. The highest incidence of TGs was recorded for sea (40.3%) and etb (34.6%) genes. Statistically, moderate correlation between toxins and SCCmec type and between presence of toxin genes and severity of infections were detected. All SEs sequences were correlated, sea and see genes were more conserved. Isolates from serious cases revealed different degrees of nucleotide and amino acid substitution among seb, sec, and tsst genes, which might contribute to their increased virulence. This study improves our understanding of S. aureus toxin profile in relation to SCCmec type, and highlight their possible roles in virulence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».