A57 ULCERATIVE COLITIS DISEASE ACTIVITY IS DOMINATED BY INNATE IMMUNITY AND FEATURES OF TISSUE REMODELING
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Ulcerative colitis (UC) is a chronic inflammatory condition affecting the colonic epithelium, with potential roles for the inflammasome, complement activation, T cells, and the microbiome in pathogenesis. We applied an established method of microarray-based gene expression analysis to a set of 128 UC biopsies (from 113 patients), to elucidate the molecular changes associated with active UC. Aims Our aim was to describe the molecules most associated with UC disease activity (the endoscopic Mayo score) and to annotate these molecules into biological processes. Methods 128 UC colonic biopsies were collected at the University of Alberta Hospital (Edmonton, Alberta) and Cedars-Sinai Hospital (Los Angeles, California) during standard of care colonoscopy. Biopsies were processed using Affymetrix microarrays. Gene expression data from the population was visualized using volcano plots (showing fold change and association between genes and endoscopic Mayo score), and heatmaps (showing expression of the top 30 genes in a previously established cell panel). Overexpression of top genes was analyzed using Gene Ontology and KEGG pathways. Results The volcano plot (Figure 1A) showed strong associations between the endoscopic Mayo score and components of innate immunity, e.g. complement factor B (CFB), C1-inhibitor (also known as SERPING1), chitinase 3-like 1 (CHI3L1), and inflammasome genes (ZBP1 and PIM2). Moderate associations with calprotectin (S100A8 and S100A9), other inflammasome components (CASP1 and NLRP3), and T cell transcripts (i.e. CTLA4, PDL1) were observed. Targets of biologic therapy (TNFA, ITGA4/B7, IL12B) were weakly associated with the endoscopic Mayo score. Expression of the top genes in a cell panel (Figure 1B) showed primary expression in monocytes, macrophages, dendritic cells, and polymorphonucleocytes, with some expression in colon epithelial and endothelial cells. Minimal expression was found in CD4/CD8 T cells or NK cells. Pathway analysis represented extracellular matrix remodeling, complement regulation, and TNFA signaling, but revealed no pathways associated with adaptive immunity (Table 1). Conclusions UC disease activity, as assessed by the endoscopic Mayo score, was strongly associated with tissue remodeling and molecules of innate immunity that were largely found in myeloid cells, colon epithelium, and endothelium. Cognate T cells were not dominant features of UC disease activity. These data suggest that the driver of ongoing UC activity is independent of the cognate T cell response. Funding Agencies None
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».