Reconciling genomic and ecological species delimitation using a confusing group of butterflies
Notice bibliographique
Résumé
Species delimitation is essential to understanding and categorizing our planet’s biodiversity, particularly amidst rapid changes to environmental conditions and natural landscapes. However, the process of speciation is heterogenous and often complex, and robust characterization of species boundaries has remained a challenge for many taxa. Recent advances in both genomics and ecological modelling have been a boon for research focused on population dynamics, and present new, multidisciplinary opportunities for clarifying species boundaries in taxa that have been difficult to classify otherwise. Here, we present an approach to combining ecological niche models with next-generation sequence data to aid in integrated species delimitation. We apply this approach to the Speyeria atlantis-hesperis (Lepidoptera: Nymphalidae) species complex, which is notorious for its muddled species delimitations, morphological variation and mito-nuclear discordance. Using genomic SNPs, we recovered substantial divergence, not only between S. hesperis and S. atlantis, but also within S. hesperis, which may be attributed to a combination of past introgression with another species, S. zerene, and post-glacial range expansion. We then applied niche modelling to assess ecological divergence and barriers to gene flow among the recovered genomic lineages. Results of these analyses suggest that adaptation to ecological conditions is hindering contemporary gene flow between northern and southern populations of S. hesperis, contributing to and reinforcing their genetic integrity. We suggest that the current species delimitation of S. hesperis should be revised, and demonstrate the utility of an approach to integrated species delimitation that combines ecological and genomic data and reconciles related species concepts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».