Infectious Salmon Anaemia Virus (ISAV) Ringtest: Validation of the ISAV Diagnositic Process using Virus-spiked Fish Tissues and ISAV TaqMan® Real-time RT-PCR
Notice bibliographique
Résumé
Fourteen laboratories validated their procedure for detection of infectious salmon anaemia virus (ISAV) in fish tissues using TaqMan® real-time RT-PCR targeting ISAV RNA segment 8. The participants included 12 laboratories from South America, one from Asia and one from Europe.The OIE Reference Laboratory for ISA at the Atlantic Veterinary College in Canada served as the standard.All laboratories received a panel of 36 blind-coded samples representing six different ISAV preparations in homogenized fish liver or L-15 medium, each in six replicates.A clearly positive control ISAV of known titer was also included.From the results obtained, the 14 laboratories that submitted results reported no false positives.False negatives were mostly observed in the ISAV-spiked fish liver homogenate samples.The lowest virus titer to be detected in the fish liver homogenate was 10 1 TCID 50 /ml, but the virus titer that could be detected accurately by most laboratories was 10 3 TCID 50 /ml in L-15 medium.Within those laboratories that accurately detected presence of virus in a sample, there was great variation in the C t values making it impossible to recommend a single cut-off C t value.A significant factor influencing the C t values obtained and therefore the diagnostic sensitivity might be the thermocycler software used.The repeatability of the test within each laboratory was high, but the reproducibility between laboratories was low.Presumably this could be improved if all the laboratories used the same RNA extraction method since the starting quality and the quantity of the RNA template is the main determinant of the quality of results once reagents have been optimized.The low reproducibility of the test between laboratories is also suggestive of the need to standardize the threshold fluorescence line of the thermocycler software and to use properly trained personnel to perform the test.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».