03 / MOLECULAR TYPING AND IDENTIFICATION OF ANTIMICROBIAL RESISTANCE MARKERS IN NEISSERIA GONORRHOEAE POSITIVE CLINICAL SPECIMENS COLLECTED IN A REMOTE NORTHERN REGION OF CANADA
Notice bibliographique
Résumé
Background: Reported rates of gonorrhea have increased dramatically in Canada, with reports suggesting a high burden in remote northern regions; antimicrobial resistance (AMR) to currently recommended antimicrobials have been reported. AMR data are not available for infections diagnosed directly from specimens by nucleic acid amplification testing (NAAT). Molecular assays were used to provide enhanced molecular typing and predicted molecular AMR data on NAAT specimens from a remote northern region in Canada. Method: Between 2015 and 2017, we evaluated 1220 (2015,n=335; 2016,n=444; 2017,n=441) Neisseria gonorrhoeae positive NAATs (Aptima urine and urogenital swabs) for N. gonorrhoeae multi-antigen sequence typing (NG-MAST). Of these, 401 were further analyzed for resistance mutations to cephalosporins (penA, ponA, mtrR, porB mutations), ciprofloxacin (gyrA and parC mutations) and azithromycin (23SrRNA mutations) by real-time PCR assays. Results: Sequence types (ST) were obtained for over 90% (1127/1220) of the specimens tested. A total of 53 STs were identified from 2015-2017 with ST4637 (44.3%, 499/1127) and ST10451 (20.6%, 233/1127) the most common. Of the 401 specimens that were analyzed for mutations associated with resistance to cephalosporins, ciprofloxacin and azithromycin, 69.6% yielded results associated with potential susceptibility for all 3 antibiotics. No azithromycin-resistance associated mutations were identified. Seventy-one specimens were identified with both ciprofloxacin and cephalosporin-resistance mutations, the majority of these specimens were ST10451 (n=61). A further 12 specimens belonging to 5 different STs had only ciprofloxacin-resistance associated mutations. There were 173 specimens with no resistance mutations detected, the majority were ST4637 (n=38), ST13808 (n=16) and 20 other STs with 1 to 16 specimens in each.Conclusions: The enhanced molecular typing and predicted molecular antimicrobial resistance surveillance data will allow public health authorities to better understand the transmission of gonococcal infections and guide public health decision-making in the prevention, treatment and control of gonorrhea in remote regions where cultures are not available.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».