Revealing the Genetic Structure and Differentiation in Endangered Pinus bungeana by Genome-Wide SNP Markers
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the genetic variation and differentiation of natural populations is essential for their protection, specifically if the species status is endangered as with Pinus bungeana. Here, we used 346,840 high density and strong specificity SNP loci to carry out genetic analyses (i.e., genetic diversity, genetic structure, phylogeny, and geographical differentiation) on 52 P. bungeana individuals from 5 populations (4 natural and one artificial) representing the main regions of the species distribution in China. Genetic diversity assessment indicated a trend of genetic diversity gradual decrease from west to east across the species distribution areas. Population genetic structure, PCA and phylogenetic analyses consistently indicated that populations in the central and eastern regions were clustered together, while those from the western regions were separated. Mantel test values indicated the presence of geographic isolation among populations, an important factor contributing to the observed genetic differentiation. The maximum likelihood tree and potential migration events inferred from TreeMix analysis indicated the presence of historical genetic exchanges between the west of Qinling Mountains and the Lvliang Mountains populations. Based on the generated genetic information, in situ and ex situ conservation strategies for P.bungeana germplasm resources are proposed, these strategies could be valuable for the conservation, protection and genetic improvement of this endangered species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».