The potential of fecal microbiota and amino acids to detect and monitor patients with adenoma
Notice bibliographique
Résumé
The risk of recurrent dysplastic colonic lesions is increased following polypectomy. Yield of endoscopic surveillance after adenoma removal is low, while interval colorectal cancers occur. To longitudinally assess the dynamics of fecal microbiota and amino acids in the presence of adenomatous lesions and after their endoscopic removal. In this longitudinal case–control study, patients collected fecal samples prior to bowel preparation before scheduled colonoscopy and 3 months after this intervention. Based on colonoscopy outcomes, patients with advanced adenomas and nonadvanced adenomas (0.5–1.0 cm) who underwent polypectomy during endoscopy (n = 19) were strictly matched on age, body-mass index, and smoking habits to controls without endoscopic abnormalities (n = 19). Microbial taxa were measured by 16S RNA sequencing, and amino acids (AA) were measured by high-performance liquid chromatography (HPLC). Adenoma patients were discriminated from controls based on AA and microbial composition. Levels of proline (p = .001), ornithine (p = .02) and serine (p = .02) were increased in adenoma patients compared to controls but decreased to resemble those of controls after adenoma removal. These AAs were combined as a potential adenoma-specific panel (AUC 0.79(0.64–0.94)). For bacterial taxa, differences between patients with adenomas and controls were found (Bifidobacterium spp.↓, Anaerostipes spp.↓, Butyricimonas spp.↑, Faecalitalea spp.↑ and Catenibacterium spp.↑), but no alterations in relative abundance were observed after polypectomy. Furthermore, Faecalitalea spp. and Butyricimonas spp. were significantly correlated with adenoma-specific amino acids. We selected an amino acid panel specifically increased in the presence of adenomas and a microbial signature present in adenoma patients, irrespective of polypectomy. Upon validation, these panels may improve the effectiveness of the surveillance program by detection of high-risk individuals and determination of surveillance endoscopy timing, leading to less unnecessary endoscopies and less interval cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».