Genome Comparison and Phylogenetic Analysis of Mastitis-Related Staphylococci with a Focus on Adhesion, Biofilm, and Regulatory-Related Genes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Bovine mastitis is the costliest diseases on dairy farms and is caused by different Staphylococcus species. However, staphylococci associated with clinical mastitis infections are different from subclinical ones, indicating a complex mechanism related to bovine mastitis pathogenesis. Here, we performed genomic analyses to determine the prevalence of adhesion, biofilm, and regulatory genes in 478 staphylococcal spp. associated with clinical and subclinical mastitis deposited in public databases. The most prevalent adhesin genes were the ebpS, atl, pls, sasH and sasF genes found in both clinical and subclinical isolates. However, the ebpS gene is absent in subclinical isolates of Staphylococcus arlettae, S. succinus, S. sciuri, S. equorun, S. galinarum, and S. saprophyticus. In constrast, the coa, eap, emp, efb, and vWbp genes were present more frequently in clinical mastitis isolates and highly correlated with the presence of the icaABCD and icaR biofilm genes. We also revealed that many adhesins, biofilm, and associated regulatory genes were potentially horizontally disseminated between clinical and subclinical isolates. Taken together, our results indicate that several adhesins, biofilm, and regulatory-related genes have been overlooked in previous studies and that these virulence factors may arise in staphylococcal species not generally associated with clinical mastitis by horizontal gene transfer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».