Genome-wide study of DNA methylation shows alterations in metabolic, inflammatory, and cholesterol pathways in ALS
Notice bibliographique
Résumé
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disease with an estimated heritability between 40 and 50%. DNA methylation patterns can serve as proxies of (past) exposures and disease progression, as well as providing a potential mechanism that mediates genetic or environmental risk. Here, we present a blood-based epigenome-wide association study meta-analysis in 9706 samples passing stringent quality control (6763 patients, 2943 controls). We identified a total of 45 differentially methylated positions (DMPs) annotated to 42 genes, which are enriched for pathways and traits related to metabolism, cholesterol biosynthesis, and immunity. We then tested 39 DNA methylation-based proxies of putative ALS risk factors and found that high-density lipoprotein cholesterol, body mass index, white blood cell proportions, and alcohol intake were independently associated with ALS. Integration of these results with our latest genome-wide association study showed that cholesterol biosynthesis was potentially causally related to ALS. Last, DNA methylation at several DMPs and blood cell proportion estimates derived from DNA methylation data were associated with survival rate in patients, suggesting that they might represent indicators of underlying disease processes potentially amenable to therapeutic interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».