Effects of temperature and oxygen on cyanobacterial DNA preservation in sediments: A comparison study of major taxa
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The analysis of sediment DNA has emerged as a promising alternative to classical paleolimnological proxies, which typically rely on hard fossils to reconstruct environmental change. In recent studies, the timing and causes of apparent increases in toxic cyanobacterial blooms in lakes around the world have been identified by high‐throughput sequencing of cyanobacterial 16S rRNA genes from decadal‐ and centennial‐scale sediment records. However, the reconstruction of ecological time series can be influenced by DNA degradation processes interfering with taxonomic resolution and quantification of target genes. To determine whether some cyanobacterial taxa degrade more rapidly than others, a one‐year incubation experiment was performed to estimate degradation rates in sediments under contrasting environmental conditions of temperature (4°C vs. 25°C) and sediment redox (oxic vs. anoxic). Using sediments collected from an oligotrophic lake, serum bottles were inoculated with either Microcystis aeruginosa , Synechococcus sp., or Trichormus variabilis . These cyanobacteria were chosen because they are widespread yet exhibit contrasting morphologies. The absolute concentrations of the target genes were measured over time through droplet digital PCR. The three taxa exhibited log‐linear declines with different rates of decay. Based on first‐order linear decay models, Microcystis exhibited faster decay under oxic conditions, whereas Synechococcu s sp. and Trichormus were both temperature and anoxic dependent. Overall, cyanobacterial decay rates were lowest under 4°C anoxic conditions, corresponding to conditions in deep temperate lakes. Under 4°C, Synechococcus exhibited the lowest degradation rates followed by Trichormus , then Microcystis . These findings will be useful in the interpretation of population and community structure data based on sediment DNA and advances our current understanding of cyanobacterial preservation in sediment.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».