Transcriptomic mapping of the metzincin landscape in human trophoblasts
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The metzincin family of metalloproteases coordinates cell and tissue developmental processes through regulation of growth factor availability, receptor signaling, and cell-cell/cell-matrix adhesion. During placental development, while distinct roles for metzincin proteases in controlling specific trophoblast functions have been described, a comprehensive assessment of metzincins during discrete stages of trophoblast differentiation has yet to be performed. Here we provide a comprehensive single cell transcriptomic resource of metzincin protease expression in diverse states of human trophoblasts from first trimester placental and decidual tissues. In the 8 distinct trophoblasts states categorized [four progenitor cytotrophoblast (CTB), one syncytiotrophoblast precursor (SCTp), two column CTB (cCTB), and one extravillous trophoblast (EVT) state], we identified 24 metzincin genes. These included 12 adamalysins, 2 pappalysins, 3 astacins and 7 matrixins. Cell trajectory modeling shows that expression of most (19/24) metzincins increases across CTB to EVT differentiation, though select proteases also increase as CTB fuse into syncytiotrophoblast. Within the CTB niche, single-cell velocity ordering identified 11 metzincins ( ADAM10, -17, MMP14, -15, -19, -23B, ADAMTS1, -6, -19, TLL-1, -2 ) expressed in progenitors proximal to the predicted origin. Analysis of metzincin-substrate interactions within the CTB niche revealed ∼150 substrates and binding partners, including FBN2 as an ADAMTS6 -specific substrate preferentially expressed in trophoblast progenitors. Together, this work characterizes the metzincin transcriptomic landscape in human first trimester trophoblasts and establishes insight into the roles specific proteases perform within distinct trophoblast niches and across differentiation. This resource serves as a guide for future investigations into the roles of metzincin proteases in human placental development. Summary Statement Single cell RNA sequencing characterizes the expression of multiple metzincin proteases within first trimester placental trophoblasts. Examination of protease-substrate interactions within cytotrophoblasts identifies potential interactions between ADAMTS6 and FBN2. Highlights Single cell RNA sequencing identifies 24 distinct metzincin proteases expressed in human first trimester trophoblasts Lineage trajectory modelling shows that metzincin genes are dynamic and likely control processes in progenitor, mid-point, and end-point states of trophoblast differentiation. ADAMTS6, and its putative substrate FBN2, localize specifically to progenitor trophoblasts
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».