Characterisation of faecal microbiota in horses medicated with oral doxycycline hyclate
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Antimicrobial-associated diarrhoea is a common adverse effect of antimicrobial treatment in horses and has been reported following the administration of oral doxycycline. The administration of antimicrobials has also been associated with changes in the equine intestinal microbiota diversity yet has not been explored under doxycycline treatment. OBJECTIVES: To describe the dynamics of the faecal microbial diversity following a 5-day oral administration of doxycycline in healthy horses with Streptococcus zooepidemicus infected tissue chambers. STUDY DESIGN: Experimental prospective cohort study in a single horse group. METHODS: Seven healthy adult horses with S. zooepidemicus infected tissue chambers received oral doxycycline at 10 mg/kg q 12 h for 5-days following the tissue chamber inoculation. Faeces were collected prior to the tissue chamber inoculation and until 28-days post inoculation. Faecal microbiota was characterised by high throughput sequencing of the V4 region of the 16S rRNA gene on the Illumina MiSeq sequencing platform. Bioinformatic analysis was performed with Mothur and statistical analysis were conducted on R Studio. RESULTS: A significant decrease in alpha diversity, characterised by a decrease of richness and diversity, and a decrease in beta diversity, characterised by changes in relative abundance, occurred after initiation of and during the administration of doxycycline. A decrease in Verrucomicrobia and increase in Firmicutes:Bacteroidetes ratio occurred following the initiation of treatment, with a return to initial Firmicutes:Bacteroidetes ratio during the treatment. It took 23 days after discontinuing the treatment for the faecal microbiota to return close to the initial state. MAIN LIMITATIONS: Lack of control population within the study. CONCLUSIONS: Transitory intestinal dysbiosis occurs under oral administration of doxycycline in horses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».