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Enregistrement W4213454090 · doi:10.14785/lymphosign-2022-0002

Novel mutation in <i>PIK3CD</i> affecting the Ras-binding domain

2022· article· en· W4213454090 sur OpenAlexaffvenue
Laura Abrego Fuentes, Jenny Garkaby, Ori Scott, Jessica Willet Pachul, Harjit Dadi, Daniele Merico, Linda Vong

Notice bibliographique

RevueLymphoSign Journal · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMutationBiologyMissense mutationImmune systemExome sequencingCancer researchGeneticsImmunologyMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Introduction: The phosphoinositide 3-kinase (PI3K) pathway plays critical roles in diverse cellular processes, including differentiation, proliferation, motility, survival, and growth. PI3Kδ, comprised of the catalytic subunit p110δ and regulatory subunit p85α, is essential for normal lymphocyte and myeloid development and function. Gain-of-function mutations in PIK3CD (encoding p110δ) cause a combined immunodeficiency known as activated PI3Kδ syndrome (APDS), in which patients frequently present with recurrent respiratory infections, severe recurrent (or persistent) infections with herpes family viruses, and lymphadenopathy. Aim: To describe the clinical presentation, immune evaluation, and genetic work-up of 2 patients (daughter and mother) with recurrent sinopulmonary, soft tissue, and skin infections. Results: Both daughter and mother presented with recurrent sinopulmonary and soft tissue infections. Immune evaluation of the daughter revealed intermittent hypogammaglobulinemia and abnormal specific vaccine responses, while immune parameters of her mother were normal. Whole exome sequencing identified a novel mutation in PIK3CD (NM_005026), c.C719T, resulting in p.T240M. Western blot analysis of downstream AKT levels revealed increased basal phosphorylation, in line with gain-of-function mutations of PIK3CD. Conclusion: The novel missense mutation in PIK3CD occurs in the region encoding the Ras-binding domain (RBD) of p110δ, and likely alters the structural configuration of the domain. To date, pathogenic mutations targeting the RBD of p110δ have not yet been described. Our results expand on the genotypic spectrum of APDS. Statement of Novelty: We describe a novel mutation in the Ras-binding domain of PIK3CD leading to a presentation of recurrent sinopulmonary and soft tissue infections in the context of APDS.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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