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Enregistrement W4214531218 · doi:10.1101/2022.02.27.22268990

Multitrait Genome-Wide Analysis in the UK Biobank Reveals Novel and Distinct Variants Influencing Cardiovascular Traits in Africans and Europeans

2022· preprint· en· W4214531218 sur OpenAlexaff
Musalula Sinkala, Samar S. M. Elsheikh, Mamana Mbiyavanga, Joshua Cullinan, Nicola Mulder

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institutes of Health
Mots-clésBiobankBlood pressureBiologyAnthropometryGeneticsGenome-wide association studyEvolutionary biologyPhenotypeQuantitative trait locusGeneDemographyGenotypeMedicineInternal medicineSingle-nucleotide polymorphismEndocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract In exploring the trans-ancestral genetic nuances of cardiovascular traits, we conducted a multi-trait genome-wide association study focusing on African (AFR) and European (EUR) populations in the UK Biobank. Here, we identify 50 genomic risk loci in the AFR population, among which 43 are novel discoveries associated with four cardiovascular traits. Similarly, we identify 829 loci in the EUR population, with 47 being novel. Also, at these loci, we identify 52 SNPs (45 novel) in the AFR population and 1,856 SNPs (957 novel) in the EUR population, among which 83 are shared, highlighting both the shared and rich diversity of the genetic underpinnings of cardiovascular disease across populations. Furthermore, functional mapping of these SNPs reveals distinct distribution patterns, with the EUR population showing a higher proportion in intronic and untranslated regions. Further, our study unravels population-specific genetic associations, identifying 3,011 genes exclusive to the EUR group and 36 distinct to the AFR group. Additionally, gene enrichment analyses show unique enriched pathways for each population, highlighting the potential influence of genetic ancestry on cardiovascular trait mechanisms and manifestation. Collectively, our results underscore the importance of population-specific approaches in studying the genetic underpinnings of cardiovascular health and further indicate potential avenues for personalised medicine and targeted interventions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,015

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,249
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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