Faculty Opinions recommendation of Diversity, activity, and evolution of CRISPR loci in Streptococcus thermophilus.
Notice bibliographique
Résumé
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) are hypervariable loci widely distributed in prokaryotes that provide acquired immunity against foreign genetic elements.Here, we characterize a novel Streptococcus thermophilus locus, CRISPR3, and experimentally demonstrate its ability to integrate novel spacers in response to bacteriophage.Also, we analyze CRISPR diversity and activity across three distinct CRISPR loci in several S. thermophilus strains.We show that both CRISPR repeats and cas genes are locus specific and functionally coupled.A total of 124 strains were studied, and 109 unique spacer arrangements were observed across the three CRISPR loci.Overall, 3,626 spacers were analyzed, including 2,829 for CRISPR1 (782 unique), 173 for CRISPR2 (16 unique), and 624 for CRISPR3 (154 unique).Sequence analysis of the spacers revealed homology and identity to phage sequences (77%), plasmid sequences (16%), and S. thermophilus chromosomal sequences (7%).Polymorphisms were observed for the CRISPR repeats, CRISPR spacers, cas genes, CRISPR motif, locus architecture, and specific sequence content.Interestingly, CRISPR loci evolved both via polarized addition of novel spacers after exposure to foreign genetic elements and via internal deletion of spacers.We hypothesize that the level of diversity is correlated with relative CRISPR activity and propose that the activity is highest for CRISPR1, followed by CRISPR3, while CRISPR2 may be degenerate.Globally, the dynamic nature of CRISPR loci might prove valuable for typing and comparative analyses of strains and microbial populations.Also, CRISPRs provide critical insights into the relationships between prokaryotes and their environments, notably the coevolution of host and viral genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,311 | 0,147 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».