Natural Language Processing for Assessing Quality Indicators in Free-Text Colonoscopy and Pathology Reports: Development and Usability Study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Manual data extraction of colonoscopy quality indicators is time and labor intensive. Natural language processing (NLP), a computer-based linguistics technique, can automate the extraction of important clinical information, such as adverse events, from unstructured free-text reports. NLP information extraction can facilitate the optimization of clinical work by helping to improve quality control and patient management. OBJECTIVE: We developed an NLP pipeline to analyze free-text colonoscopy and pathology reports and evaluated its ability to automatically assess adenoma detection rate (ADR), sessile serrated lesion detection rate (SDR), and postcolonoscopy surveillance intervals. METHODS: The NLP tool for extracting colonoscopy quality indicators was developed using a data set of 2000 screening colonoscopy reports from a single health care system, with an associated 1425 pathology reports. The NLP system was then tested on a data set of 1000 colonoscopy reports and its performance was compared with that of 5 human annotators. Additionally, data from 54,562 colonoscopies performed between 2010 and 2019 were analyzed using the NLP pipeline. RESULTS: The NLP pipeline achieved an overall accuracy of 0.99-1.00 for identifying polyp subtypes, 0.99-1.00 for identifying the anatomical location of polyps, and 0.98 for counting the number of neoplastic polyps. The NLP pipeline achieved performance similar to clinical experts for assessing ADR, SDR, and surveillance intervals. NLP analysis of a 10-year colonoscopy data set identified great individual variance in colonoscopy quality indicators among 25 endoscopists. CONCLUSIONS: The NLP pipeline could accurately extract information from colonoscopy and pathology reports and demonstrated clinical efficacy for assessing ADR, SDR, and surveillance intervals in these reports. Implementation of the system enabled automated analysis and feedback on quality indicators, which could motivate endoscopists to improve the quality of their performance and improve clinical decision-making in colorectal cancer screening programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,054 | 0,120 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».