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Enregistrement W4214595825 · doi:10.1038/s41597-022-01162-3

Worldwide diversity of endophytic fungi and insects associated with dormant tree twigs

2022· article· en· W4214595825 sur OpenAlexfundno aff
Iva Franić, Simone Prospero, Kalev Adamson, Eric Allan, Fabio Attorre, Marie Anne Auger-Rozenberg, Sylvie Augustin, Dimitrios Ν. Avtzis, Wim Baert, Marek Barta, Kenneth Bauters, Amani Bellahirech, P Boroń, Helena Bragança, Tereza Brestovanská, May Bente Brurberg, Treena I. Burgess, Daiva Burokienė, Michelle Cleary, Juan C. Corley, David R. Coyle, György Csóka, Karel Černý, Kateryna Davydenko, Maarten de Groot, Julio Javier Díez, H. Tuğba Doğmuş Lehtijärvi, Rein Drenkhan, Jacqueline Edwards, Mohammed Elsafy, Csaba Béla Eötvös, Roman Falko, Jianting Fan, Nina Feddern, Ágnes Fürjes‐Mikó, Martin M. Goßner, Bartłomiej Grad, Martin Hartmann, Ludmila Havrdová, Miriam Kádasi Horáková, Markéta Hrabětová, Mathias Just Justesen, Magdalena Kacprzyk, Marc Kenis, Natalia Kirichenko, Marta Kovač, Volodymyr Kramarets, Nikola Lacković, Victoria Lantschner, Jelena Lazarević, Marianna Leskiv, Hongmei Li, Corrie Lynne Madsen, Chris Malumphy, Dinka Matošević, Iryna Matsiakh, Tom W. May, Johan Meffert, Duccio Migliorini, Christo Nikolov, Richard O’Hanlon, Funda Oskay, Trudy Paap, Taras Parpan, Barbara Piškur, Hans Peter Ravn, J Richard, Anne Ronse, Alain Roques, Beat Ruffner, Karolis Sivickis, Carolina Soliani, Venche Talgø, М. А. Томошевич, Anne Uimari, Michael D. Ulyshen, Anna Maria Vettraino, Caterina Villari, Yongjun Wang, Johanna Witzell, Milica Zlatković, René Eschen

Notice bibliographique

RevueScientific Data · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Research, Development and Innovation OfficeBundesamt für UmweltAustralian Centre for International Agricultural ResearchAgentúra na Podporu Výskumu a VývojaMinistry of Agriculture of the People's Republic of ChinaMinistarstvo Prosvete, Nauke i Tehnološkog RazvojaDepartment of Forestry, Fisheries and the EnvironmentEidgenössische Technische Hochschule ZürichRussian Foundation for Basic ResearchEesti TeadusfondiSiberian Branch, Russian Academy of SciencesSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungMcGill UniversityGénome QuébecJavna Agencija za Raziskovalno Dejavnost RSHungarian Scientific Research FundUniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w KrakowieDepartment of Agriculture, Environment and Rural Affairs, UK GovernmentInstituto Nacional de investigação Agrária e VeterináriaAgriculture and Agri-Food CanadaNational Science Foundation
Mots-clésBiologyGymnospermPlant use of endophytic fungi in defenseTaxonEcologyHerbivoreMarine fungiBiodiversityBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

International trade in plants and climate change are two of the main factors causing damaging tree pests (i.e. fungi and insects) to spread into new areas. To mitigate these risks, a large-scale assessment of tree-associated fungi and insects is needed. We present records of endophytic fungi and insects in twigs of 17 angiosperm and gymnosperm genera, from 51 locations in 32 countries worldwide. Endophytic fungi were characterized by high-throughput sequencing of 352 samples from 145 tree species in 28 countries. Insects were reared from 227 samples of 109 tree species in 18 countries and sorted into taxonomic orders and feeding guilds. Herbivorous insects were grouped into morphospecies and were identified using molecular and morphological approaches. This dataset reveals the diversity of tree-associated taxa, as it contains 12,721 fungal Amplicon Sequence Variants and 208 herbivorous insect morphospecies, sampled across broad geographic and climatic gradients and for many tree species. This dataset will facilitate applied and fundamental studies on the distribution of fungal endophytes and insects in trees.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,855
Score d'incertitude au seuil0,296

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,002
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,191 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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