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Author Correction: Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network
Mathys Grapotte, Manu Saraswat, Chloé Bessière, Christophe Menichelli, Jordan A. Ramilowski, Jessica Severin, Yoshihide Hayashizaki, Masayoshi Itoh, Michihira Tagami, Mitsuyoshi Murata, Miki Kojima-Ishiyama, Shohei Noma, Shuhei Noguchi, Takeya Kasukawa, Akira Hasegawa, Harukazu Suzuki, Hiromi Nishiyori-Sueki, Martin C. Frith, Imad Abugessaisa, Stuart Aitken, Bronwen L. Aken, Intikhab Alam, Tanvir Alam, Rami Alasiri, Ahmad M. N. Alhendi, Hamid Alinejad‐Rokny, Mariano J. Alvarez, Robin Andersson, Takahiro Arakawa, Marito Araki, Taly Arbel, John Archer, Alan Archibald, Peter Arner, Kiyoshi Asai, Haitham Ashoor, Gaby Åström, Magda Babina, J. Kenneth Baillie, Vladimir B. Bajić, Archana Bajpai, Sarah Baker, Richard M. Baldarelli, Adam Balic, Mukesh Bansal, Arsen O. Batagov, Serafim Batzoglou, Anthony G Beckhouse, Antonio Paolo Beltrami, Carlo Alberto Beltrami, Nicolas Bertin, Sharmodeep Bhattacharya, Peter J. Bickel, Judith A. Blake, Mathieu Blanchette, Beatrice Bodega, Alessandro Bonetti, Hidemasa Bono, Jette Bornholdt, Michael Bttcher, Salim Bougouffa, Mette Boyd, Jérémie Breda, Frank Brombacher, James B. Brown, Carol J. Bult, A. Maxwell Burroughs, Annika Busch, Giulia Caglio, Andrea Califano, Christopher J. F. Cameron, Carlo Vittorio Cannistraci, Alessandra Carbone, Ailsa J Carlisle, Piero Carninci, Kim W. Carter, Daniela Cesselli, Jen-Chien Chang, Julie C. Chen, Yun Chen, Marco Chierici, John Christodoulou, Yari Ciani, Emily L. Clark, Mehmet Coskun, Maria Dalby, Emiliano Dalla, Carsten O. Daub, Carrie Davis, Michiel de Hoon, Derek de Rie, Elena Denisenko, Bart Deplancke, Michael Detmar, Ruslan Deviatiiarov, Diego di Bernardo, Alexander D. Diehl, Lothar C. Dieterich, Emmanuel Dimont, Sarah Djebali, Taeko Dohi, Jose Dostie, Finn Drabløs, Albert S.B. Edge, Matthias Edinger, Anna Ehrlund, Karl Ekwall, Arne Elofsson, Mitsuhiro Endoh, Hideki Enomoto, Saaya Enomoto, Mohammad Ali Faghihi, Michela Fagiolini, Mary C. Farach‐Carson, Geoffrey J. Faulkner, Alexander V. Favorov, Ana Miguel Fernandes, Carmelo Ferrai, Alistair R. R. Forrest, Lesley M. Forrester, Mattias Forsberg, Alexandre Fort, Margherita Francescatto, Tom C. Freeman, Shinji Fukuda, Manabu Funayama, Cesare Furlanello, Masaaki Furuno, Chikara Furusawa, Hui Gao, Iveta Gažová, Claudia Gebhard, Florian Geier, Teunis B. H. Geijtenbeek, Samik Ghosh, Yanal Ghosheh, T Gingeras, Takashi Gojobori, Tatyana Goldberg, Dan Goldowitz, Julian Gough, Dario Greco, Andreas Gruber, Sven Guhl, Roderic Guigó, Reto Guler, Oleg Gusev, Stefano Gustincich, Thomas J Ha, Vanja Haberle, Paul Hale, Bjrn M. Hallstrom, Michiaki Hamada, Lusy Handoko, Mitsuko Hara, Matthias Harbers, Jennifer Harrow, Jayson Harshbarger, Takeshi Hase, Kosuke Hashimoto, Taku Hatano, Nobutaka Hattori, Ryuhei Hayashi, Meenhard Herlyn, Peter Heutink, Kelly J Hitchens, Shannon Ho Sui, Peter A.C. ’t Hoen, Chung-Chau Hon, Fumi Hori, Masafumi Horie, Katsuhisa Horimoto, Paul Horton, Rui Hou, Edward Huang, Yi Huang, Richard Hugues, David Hume, Hans Ienasescu, Kei Iida, Tomokatsu Ikawa, Toshimichi Ikemura, Kazuho Ikeo, Norihiko Inoue, Yuri Ishizu, Yosuke Ito, Anna V. Ivshina, Boris R. Janković, Piroon Jenjaroenpun, Rory Johnson, Mette Jørgensen, Hadi Jorjani, Anagha Joshi, Giuseppe Jurman, Bogumił Kaczkowski, Chieko Kai, Kaoru Kaida, Kazuhiro Kajiyama, Rajaram Kaliyaperumal, Eli Kaminuma, Takashi Kanaya, Hiroshi Kaneda, Philip Kapranov, Artem S. Kasianov, Toshiaki Katayama, Sachi Kato, Shuji Kawaguchi, Jun Kawai, Hideya Kawaji, Hiroshi Kawamoto, Yuki I. Kawamura, Satoshi Kawasaki, Tsugumi Kawashima, Judith S. Kempfle, Tony Kenna, Juha Kere, Levon M. Khachigian, Hisanori Kiryu, Mami Kishima, Hiroyuki Kitajima, Toshio Kitamura, Hiroaki Kitano, Enio Klarić, Kjetil Klepper, S. Peter Klinken, Edda Kloppmann, Alan J. Knox, Yuichi Kodama, Yasushi Kogo, Miki Kojima, Soichi Kojima, Norio Komatsu, Hiromitsu Komiyama, Tsukasa Kono, Haruhiko Koseki, Shigeo Koyasu, Anton Kratz, Alexander Kukalev, Ivan V. Kulakovskiy, Anshul Kundaje, Hiroshi Kunikata, Richard Kuo, Tony Kuo, Shigehiro Kuraku, Vladimir A. Kuznetsov, Tae Jun Kwon, Matt Larouche, Timo Lassmann, Andy Law, Kim‐Anh Lê Cao, Charles‐Henri Lecellier, Weon-Ju Lee, Boris Lenhard, Andreas Lennartsson, Kang Li, Ruohan Li, Berit Lilje, Leonard Lipovich, Marina Lizio, Gonzalo López, Shigeyuki Magi, Gloria K. Mak, Vsevolod J. Makeev, Riichiro Manabe, Michiko Mandai, Jessica C. Mar, Kazuichi Maruyama, Taeko Maruyama, Elizabeth A. Mason, Anthony Mathelier, Hideo Matsuda, Yulia A. Medvedeva, Terrence F. Meehan, Niklas Mejhert, Alison Meynert, Norihisa Mikami, Akiko Minoda, Hisashi Miura, Yohei Miyagi, Atsushi Miyawaki, Yosuke Mizuno, Hiromasa Morikawa, Mitsuru Morimoto, M. Morioka, Soji Morishita, Kazuyo Moro, Efthymios Motakis, Hozumi Motohashi, Abdul Kadir Mukarram, Christine L. Mummery, Chris Mungall, Yasuhiro Murakawa, Masami Muramatsu, Kazunori Nagasaka, Takahide Nagase, Yutaka Nakachi, Fumio Nakahara, Kenta Nakai, Kumi Nakamura, Yasukazu Nakamura, Yukio Nakamura, Toru Nakazawa, Guy P. Nason, Chirag Nepal, Quan Nguyen, Lars K. Nielsen, Kohji Nishida, Koji M. Nishiguchi, Hiromi Nishiyori, Kazuhiro R. Nitta, Cédric Notredame, Soichi Ogishima, Naganari Ohkura, Hiroshi Ohno, Mitsuhiro Ohshima, Takashi Ohtsu, Yukinori Okada, Mariko Okada, Yasushi Okazaki, Per Oksvold, Valerio Orlando, Ghim Sion Ow, Mumin Ozturk, Mikhail Pachkov, Triantafyllos Paparountas, Suraj P. Parihar, Sung‐Joon Park, Giovanni Pascarella, Robert Passier, Helena Persson, Ingrid H.C.H.M. Philippens, Silvano Piazza, Charles Plessy, Ana Pombo, Fredrik Pontén, Stéphane Poulain, Thomas M. Poulsen, Swati Pradhan-Bhatt, Carolina Prezioso, Clare Pridans, Xiangyang Qin, John Quackenbush, Owen J. L. Rackham, Timothy Ravasi, Michael Rehli, Sarah Rennie, Tiago Rito, Patrizia Rizzu, Christelle Robert, Marco Roos, Burkhard Rost, Filip Roudnicky, Riti Roy, Morten Beck Rye, Oxana Sachenkova, Pål Sætrom, Hyonmi Sai, Shinji Saiki, Mitsue Saito, Akira Saito, Shimon Sakaguchi, Mizuho Sakai, Saori Sakaue, Asako Sakaue-Sawano, Albin Sandelin, Hiromi Sano, Yuzuru Sasamoto, Hiroki Sato, Alka Saxena, Hideyuki Saya, Andrea Schafferhans, Sebastian Schmeier, Christian Schmidl, Daniel Schmocker, Claudio Schneider, Marcus Schueler, Erik Schultes, Gundula Schulze‐Tanzil, Colin A. Semple, Shigeto Seno, Wooseok Seo, Jun Sese, Guojun Sheng, Jiantao Shi, Yishai Shimoni, Jay W. Shin, Javier Simón‐Sánchez, Åsa Sivertsson, Evelina Sjöstedt, Cilla Söderhäll, Georges St. Laurent, Marcus H. Stoiber, Daisuke Sugiyama, Kim Summers, Ana Maria Suzuki, Kenji Suzuki, Mikiko Suzuki, Naoko Suzuki, Takahiro Suzuki, Douglas J. Swanson, Rolf Swoboda, Ayumi Taguchi, Hazuki Takahashi, Masayo Takahashi, Kazuya Takamochi, Satoru Takeda, Yoichi Takenaka, Kin Tung Tam, Hiroshi Tanaka, Rica Tanaka, Yuji Tanaka, Dave Tang, Ichiro Taniuchi, Andrea Tanzer, Hiroshi Tarui, Martin S. Taylor, Aika Terada, Yasuhisa Terao, Alison C. Testa, Mark Thomas, Supat Thongjuea, Kentaro Tomii, Elena Torlai Triglia, Hiroo Toyoda, H. Gwen Tsang, Motokazu Tsujikawa, Mathias Uhlén, Eivind Valen, Erik van Nimwegen, Dmitry Velmeshev, Roberto Verardo, Morana Vitezic, Kristoffer Vitting‐Seerup, Kalle von Feilitzen, Christian R. Voolstra, Ilya E. Vorontsov, Claes Wahlestedt, Wyeth W. Wasserman, Kazuhide Watanabe, Shoko Watanabe, Christine A. Wells, Louise N Winteringham, Ernst J. Wolvetang, Haruka Yabukami, Ken Yagi, Takuji Yamada, Yoko Yamaguchi, Masayuki Yamamoto, Yasutomo Yamamoto, Yumiko Yamamoto, Yasunari Yamanaka, Kojiro Yano, Kayoko Yasuzawa, Yukiko Yatsuka, Masahiro Yo, Shunji Yokokura, Misako Yoneda, Emiko Yoshida, Yuki Yoshida, Masahito Yoshihara, Rachel Young, Robert S. Young, Nancy Yu, Noriko Yumoto, Susan E. Zabierowski, Peter Zhang, S. Zucchelli, Martin Zwahlen, Clément Chatelain, Laurent Bréhélin
Notice bibliographique
RevueNature Communications · 2022
Typeerratum
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMolecular Biology Techniques and Applications
Établissements canadiensChild and Family Research InstituteUniversity of British ColumbiaMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputational biologySequence (biology)Transcription (linguistics)BiologyMicrosatelliteEvolutionary biologyGeneticsComputer scienceGeneAllele
Résumé
The original version of this Article incorrectly included Kristina Hettne as a current member of the FANTOM consortium at the time of publication. This has now been corrected in both the PDF and HTML versions of the Article.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,044
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,058
Score d'incertitude au seuil0,192
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,044 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,058 | 0,033 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui