In situ artificial contact sites (ISACS) between synthetic and endogenous organelle membranes allow for quantification of protein-tethering activities
Notice bibliographique
Résumé
Membrane contact sites are specialized areas where the membranes of two distinct organelles are physically connected and allow for the exchange of molecules and for signaling processes. Understanding the mechanisms whereby proteins localize to and function in these structures is of special interest; however, methods allowing for reconstitution of these contact sites are few and only based on synthetic membranes and recombinant proteins. Here, we devised a strategy to create in situ artificial contact sites between synthetic and endogenous organelle membranes. Liposomes functionalized with a peptide containing a two phenylalanines in an acidic tract (FFAT) motif were added to adherent cells whose plasma membrane was perforated. Confocal and super-resolution microscopy revealed that these liposomes associated with the endoplasmic reticulum via the specific interaction of the FFAT motif with endoplasmic reticulum-resident vesicle-associated membrane protein-associated proteins. This approach allowed for quantification of the attachment properties of peptides corresponding to FFAT motifs derived from distinct proteins and of a protein construct derived from steroidogenic acute regulatory protein-related lipid transfer domain-3. Collectively, these data indicate that the creation of in situ artificial contact sites represents an efficient approach for studying the membrane-tethering activity of proteins and for designing membrane contact site reconstitution assays in cellular contexts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».