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Enregistrement W4214677644 · doi:10.1101/2022.02.22.481518

Automated Analysis Pipeline For Extracting Saccade, Pupil, and Blink Parameters Using Video-Based Eye Tracking

2022· preprint· en· W4214677644 sur OpenAlexafffund
Brian C. Coe, Jeff Huang, Donald C. Brien, Brian J. White, Rachel Yep, Douglas P. Munoz

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGlaucoma and retinal disorders
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchOntario Brain Institute
Mots-clésComputer scienceSaccadic maskingSaccadePipeline (software)Task (project management)Eye trackingCategorizationArtificial intelligenceEye movementComputer visionEngineering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The tremendous increase of video-based eye tracking has made it possible to collect data from thousands of participants. Traditional manual detection and classification procedures for saccades and trial categorization is not viable for the large data sets being collected. Additionally, high-speed video-based eye trackers now allow for the novel analysis of pupil responses and blink behavior. Here we present a detailed description of our pipeline for collecting data, storing data, organizing participant codes, and cleaning data, which are fairly lab-specific but nonetheless important precursory steps in establishing standardized pipelines. More importantly, we also include descriptions of the automated detection and classification of saccades, blinks, ‘blincades’ (blinks occurring during saccades), and boomerang saccades (two saccades in opposite directions that occur almost simultaneously so that speed-based algorithms fail to split them), which are almost entirely task-agnostic and can be used on a wide variety of data. We additionally describe novel findings about post-saccadic oscillations, and provide a method to get more accurate estimates for end-points of saccades. Lastly, we describe the automated behavior classification for the Interleaved Pro- and Anti-Saccade Task (IPAST), a well-known task that probes voluntary and inhibitory control. This pipeline was evaluated using data collected from 592 human participants between 5 and 93 years of age, making it robust enough to handle large clinical patient data sets as well. In sum, this pipeline has been optimized to consistently handle large data sets obtained from diverse study cohorts (i.e., development, aging, clinical), and collected across multiple laboratory sites.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,027

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,007

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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