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Enregistrement W4214684388 · doi:10.1016/j.celrep.2022.110429

SARS-CoV-2 Omicron Spike recognition by plasma from individuals receiving BNT162b2 mRNA vaccination with a 16-week interval between doses

2022· article· en· W4214684388 sur OpenAlexaff
Debashree Chatterjee, Alexandra Tauzin, Lorie Marchitto, Shang Yu Gong, Marianne Boutin, Catherine Bourassa, Guillaume Beaudoin-Bussières, Yuxia Bo, Shilei Ding, Annemarie Laumaea, Dani Vézina, Josée Perreault, Laurie Gokool, Chantal Morrisseau, Pascale Arlotto, Éric Fournier, Aurélie Guilbault, Benjamin Delisle, Inès Levade, Guillaume Goyette, Gabrielle Gendron‐Lepage, Halima Medjahed, Gaston De Serres, Cécile Tremblay, Valérie Martel‐Laferrière, Daniel E. Kaufmann, Renée Bazin, Jérémie Prévost, Sandrine Moreira, Jonathan Richard, Marceline Côté, Andrés Finzi

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensInstitut National de Santé Publique du QuébecHéma-QuébecUniversity of OttawaInstitute of Infection and ImmunityMcGill University Health CentreUniversité de MontréalMcGill UniversityCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSpike (software development)Interval (graph theory)Coronavirus disease 2019 (COVID-19)VaccinationSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)MedicineCohortImmunologyVirologyInternal medicineComputer scienceMathematicsDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Continuous emergence of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) is fueling the COVID-19 pandemic. Omicron (B.1.1.529) rapidly spread worldwide. The large number of mutations in its Spike raise concerns about a major antigenic drift that could significantly decrease vaccine efficacy and infection-induced immunity. A long interval between BNT162b2 mRNA doses elicits antibodies that efficiently recognize Spikes from different VOCs. Here, we evaluate the recognition of Omicron Spike by plasma from a cohort of SARS-CoV-2 naive and previously infected individuals who received their BNT162b2 mRNA vaccine 16 weeks apart. Omicron Spike is recognized less efficiently than D614G, Alpha, Beta, Gamma, and Delta Spikes. We compare with plasma activity from participants receiving a short (4 weeks) interval regimen. Plasma from individuals of the long-interval cohort recognize and neutralize better the Omicron Spike compared with those who received a short interval. Whether this difference confers any clinical benefit against Omicron remains unknown.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,394
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,049
Tête enseignante GPT0,310
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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