Faculty Opinions recommendation of Bacteriophage genes that inactivate the CRISPR/Cas bacterial immune system.
Notice bibliographique
Résumé
A widespread system used by bacteria for protection against potentially dangerous foreign DNA molecules are the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) loci coupled with cas (CRISPR-associated) genes 1 .Similar to RNA interference (RNAi) in eukaryotes 2 , these CRISPR/Cas systems utilize small RNAs for sequence-specific detection and neutralization of invading genomes 3 .Here we describe the first examples of genes that mediate the inhibition of a CRISPR/Cas system.Five distinct "anti-CRISPR" genes were found in the genomes of phages infecting Pseudomonas aeruginosa.Mutation of the anti-CRISPR gene of a phage rendered it unable to infect bacteria with a functional CRISPR/Cas system, and the addition of the same gene to the genome of a CRISPR/Cas-targeted phage allowed it to evade the CRISPR/Cas system.Phage-encoded anti-CRISPR genes may represent a widespread mechanism for phages to overcome the highly prevalent CRISPR/Cas systems.The existence of anti-CRISPR genes presents new avenues for the elucidation of CRISPR/Cas functional mechanisms and provides new insight into the coevolution of phages and bacteria.Predation by phages presents a major challenge to bacterial survival 4 , and bacteria have evolved numerous mechanisms to resist phage infection 5 .One such system is the CRISPR/Cas immune system, which is found in 48% of eubacteria and 95% of archaea 6 .CRISPR loci contain multiple repeated sequences of approximately 30 base pairs, separated by variable "spacer" sequences of similar length, which are often identical to segments of phage genomes or other mobile genetic elements 6 .The large single transcript from a CRISPR locus is processed within the repeat regions into small CRISPR RNAs (crRNAs) 7,8 that are complexed with Cas proteins 3,9 .Using the crRNAs as guides, crRNA/Cas complexes cleave foreign DNA molecules at sites bearing complementarity to the crRNAs,
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,012 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,111 | 0,066 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».