The Protein Interactome of a Nanoparticle Population in Whole Cytoplasm under Near‐Native Conditions: A Pilot Study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The surface interactions of nanoparticles (NPs) with proteins are intensively studied because they partly determine the biological fate of these reagents. The protein interaction trajectory of NPs delivered from complex biofluids into the cytosol of vertebrate cells however remains poorly characterized. This topology is explored using isolated whole cytoplasm and carboxylated superparamagnetic iron oxide NPs (SPIONs). SPIONs are introduced into the cytoplasm in naked form or with an adsorbed cargo of serum proteins as an example of a complex NP “corona.” By filtering interactome datasets with information about protein localization and absolute cytosolic concentration, the soluble cytoplasmic proteins that contribute to corona formation in the cytoplasm are identified. These include a subset of glycolytic enzymes and proteins in soluble ribosomes. In the cytoplasm, the proteins of the serum corona are quickly removed from SPIONs by a non‐proteolytic mechanism. Although naked SPIONs and SPIONs with a serum corona capture the same 65 cytosolic proteins, their overall interaction trajectory in the cytoplasm is not identical. In particular, they diverge in engagement with macroscale cell parts such as mitochondria. This knowledge of the interaction landscape of NPs in the cytoplasm is expected to support hypothesis development in projects aimed at improving NP reagents for biomedical applications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».