New Challenges, New Commitments: 19th Annual Canadian Conference on HIV/AIDS Research
Notice bibliographique
Résumé
CD8 T-cells restricted by protective HLA class I alleles mount early and robust responses to the HIV Gag protein, and may select for escape mutations that impair Gag function and reduce viral replication capacity.However, the extent to which early immune responses drive alterations in viral fitness and the implications of this on disease progression remain incompletely understood.We used a recombinant viral method to investigate whether immune-associated fitness defects are detectable during acute/early infection.NL4-3 viruses encoding patient HIV RNA-derived Gag-Protease sequences were generated from a cohort of individuals (N=67) enrolled a median of 52 [IQR 31-72] days following estimated date of infection.Viral replication capacity (RC) was assessed using an established GFP reporter T-cell assay and normalized to wild-type NL4-3.Recombinant viruses derived from individuals expressing a protective HLA allele (defined as B13, 27, 57, 5801; N=20) displayed significantly lower RC compared to those from individuals lacking a protective allele (N=47) (mean RC 0.89 vs. 1.02, respectively, p<0.0001).No significant correlation was observed between RC and viral load or CD4 count during untreated clinical follow-up (median 24 months).Analysis of plasma HIV RNA Gag sequences revealed a significant inverse correlation between the total number of HLA-associated mutations and RC.This was most notable for HLA-B alleles, and suggests a dose-dependent effect of early escape mutations that compromised fitness.Results support the hypothesis that early CD8 responses restricted by protective HLA class I alleles select for escape mutations in Gag that compromise its function.Although the selection of compensatory mutations may partially rescue these effects, early "hits" to viral fitness may have long-lasting implications for attenuating the disease course.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,004 |
| Communication savante | 0,009 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,094 | 0,030 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».