Characterization of novel <i>lncRNA</i> muscle expression profiles associated with meat quality in beef cattle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The aim of this study was to identify novel lncRNA differentially expressed (DE) between divergent animals for beef tenderness and marbling traits in Nellore cattle. Longissimus thoracis muscle samples from the 20 most extreme bulls (of 80 bulls set) for tenderness, tender ( n = 10) and tough ( n = 10) groups, and marbling trait, high ( n = 10) and low ( n = 10) groups were used to perform transcriptomic analysis using RNA‐Sequencing. For tenderness, 29 lncRNA were DE ( p ‐value ≤ 0.01) in tough beef animals in relation to tender beef animals. We observed that genic lncRNAs, for example, lncRNA_595 . 1 , were overlapping exonic part of the PICK gene, while lncRNA_3097 . 2 and lncRNA_3129 . 5 overlapped intronic part of the genes GADL1 and PSMD6 . The lncRNA associated with PICK1 , GADL1 , and PMD6 genes were enriched in the pathways associated with the ionotropic glutamate receptor, gamma‐aminobutyric acid synthesis, and the ubiquitin–proteasome pathway. For marbling, 50 lncRNA were DE ( p ‐value ≤ 0.01) in high marbling group compared with low marbling animals. The genic lncRNAs, such as lncRNA_3191 . 1 , were overlapped exonic part of the ITGAL gene, and the lncRNA_512 . 1 , lncRNA_3721 . 1 , and lncRNA_41 . 4 overlapped intronic parts of the KRAS and MASP1 genes. The KRAS and ITGAL genes were enriched in pathways associated with integrin signaling, which is involved in intracellular signals in response to the extracellular matrix, including cell form, mobility, and mediates progression through the cell cycle. In addition, the lincRNAs identified to marbling trait were associated with several genes related to calcium binding, muscle hypertrophy, skeletal muscle, lipase, and oxidative stress response pathways that seem to play a role important in the physiological processes related to meat quality. These findings bring new insights to better understand the biology mechanisms involved in the gene regulation of these traits, which will be valuable for a further investigation of the interactions between lncRNA and mRNAs, and of how these interactions may affect meat quality traits.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».