Faculty Opinions recommendation of Structural basis for Diels-Alder ribozyme-catalyzed carbon-carbon bond formation.
Notice bibliographique
Résumé
The majority of structural efforts addressing RNA's catalytic function have focused on natural ribozymes, which catalyze phosphodiester transfer reactions.By contrast, little is known about how RNA catalyzes other types of chemical reactions.We report here the crystal structures of a ribozyme that catalyzes enantioselective carbon-carbon bond formation by the Diels-Alder reaction in the unbound state and in complex with a reaction product.The RNA adopts a λ-shaped nested pseudoknot architecture whose preformed hydrophobic pocket is precisely complementary in shape to the reaction product.RNA folding and product binding are dictated by extensive stacking and hydrogen bonding, whereas stereoselection is governed by the shape of the catalytic pocket.Catalysis is apparently achieved by a combination of proximity, complementarity and electronic effects.We observe structural parallels in the independently evolved catalytic pocket architectures for ribozyme-and antibody-catalyzed Diels-Alder carbon-carbon bond-forming reactions.The discovery of the catalytic activity of RNA 1,2 and the hypothesis of a prebiotic 'RNA world' 3 have expanded the scope of enzymology to include other biopolymers than proteins.The currently known natural ribozymes catalyze only a narrow range of chemical reactions, namely the hydrolysis and transesterification of internucleotide bonds 4,5 , and probably peptide bond formation 6 .However, in vitro selection and evolution have demonstrated that ribozymes are capable of accelerating a much broader reaction spectrum 7 .This finding and
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,037 | 0,037 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».