<i>Rickettsia typhi</i> peptidoglycan mapping with data-dependent tandem mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Rickettsia species are diverse Gram-negative obligate intracellular bacteria often pervasive in numerous invertebrates, as well as fungal, nematode and microeukaryotic hosts. Certain species are etiological agents for well-known arthropod-borne illnesses; e.g., R. rickettsii (Rocky Mountain Spotted Fever), R. prowazekii (Epidemic Typhus), and R. typhi , (Endemic Typhus). Living freely in eukaryotic cytosol presumably exposes rickettsiae to host cell immune receptors, particularly those recognizing bacterial cell envelope glycoconjugates. However, the mechanics of host recognition of rickettsiae remain poorly defined. As rickettsiae synthesize a canonical Gram-negative cell envelope that includes peptidoglycan (PGN) and lipopolysaccharide (LPS), structural insight on these macromolecules is important for deciphering host responses to these pathogens. In this work, PGN from R. typhi was digested and the resultant subunits were analyzed by two different, albeit complementary, sample preparation methods. Both approaches were subsequently subjected to liquid chromatography/mass spectrometry analysis to infer PGN structure. R. typhi PGN was determined to be similar to most other Gram-negative bacteria, with mDAP-type muropeptide subunits. However, additional alanine residues were observed elongating the muropeptide stems, rather than the glycine residues usually observed in Gram-negative bacterial PGN. Despite this deviation, R. typhi contains a murein layer that is predicted to agonize host cellular PGN receptors and be susceptible to PGN-targeting antimicrobials. This same structure is likely synthesized by all Rickettsia species, as bioinformatics and comparative genomics analyses indicate the biosynthesis of PGN is highly conserved. Determining how host cells process this canonical glycoconjugate during infection is crucial for identifying factors behind rickettsial pathogenesis, including immunoavoidance or proinflammatory mechanisms possibly employed by rickettsiae with varying pathogenic potential.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».