Interpretation of network-based integration from multi-omics longitudinal data
Notice bibliographique
Résumé
Multi-omics integration is key to fully understand complex biological processes in an holistic manner. Furthermore, multi-omics combined with new longitudinal experimental design can unreveal dynamic relationships between omics layers and identify key players or interactions in system development or complex phenotypes. However, integration methods have to address various experimental designs and do not guarantee interpretable biological results. The new challenge of multi-omics integration is to solve interpretation and unlock the hidden knowledge within the multi-omics data. In this paper, we go beyond integration and propose a generic approach to face the interpretation problem. From multi-omics longitudinal data, this approach builds and explores hybrid multi-omics networks composed of both inferred and known relationships within and between omics layers. With smart node labelling and propagation analysis, this approach predicts regulation mechanisms and multi-omics functional modules. We applied the method on 3 case studies with various multi-omics designs and identified new multi-layer interactions involved in key biological functions that could not be revealed with single omics analysis. Moreover, we highlighted interplay in the kinetics that could help identify novel biological mechanisms. This method is available as an R package netOmics to readily suit any application.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».