The plastomes of <i>Hyalomonas oviformis</i> and <i>Hyalogonium fusiforme</i> evolved dissimilar architecture after the loss of photosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The loss of photosynthesis in land plants and algae is typically associated with parasitism but can also occur in free-living species, including chlamydomonadalean green algae. The plastid genomes (ptDNAs) of colorless chlamydomonadalean species are surprisingly diverse in architecture, including highly expanded forms ( Polytoma uvella, Leontynka pallida ) as well as outright genome loss ( Polytomella species). Here, we explore the ptDNAs of Hyalomonas (Hm.) oviformis (SAG 62-27; formerly known as Polytoma oviforme ) and Hyalogonium (Hg.) fusiforme (SAG 62-1c), each representing independent losses of photosynthesis within the Chlamydomonadales. The Hm. oviformis ptDNA is moderately sized (132 kb), smaller than that of its photosynthetic relative Hyalomonas chlamydogama SAG 11-48b (198.3 kb), with a reduced gene complement but still encoding the ATPase subunits. The Hg. fusiforme plastome, however, is the largest yet observed in colorless plants or algae (~463 kb) and has a coding repertoire that is almost identical to that of its photosynthetic relatives in the genus Chlorogonium . Furthermore, the ptDNA of Hg. fusiforme shows no clear evidence of pseudogenization, which is consistent with our analyses showing that Hg. fusiforme is the non-photosynthetic lineage of most recent origin among the known colorless Chlamydomonadales. Together, these new ptDNAs clearly show that, in contrast to parasitic algae, plastid genome compaction is not an obligatory route following the loss of photosynthesis in free-living algae, and that certain chlamydomonadalean algae have a remarkable propensity for genomic expansion, which can persist regardless of the trophic strategy. One sentence summary The plastid genomes of two free-living chlamydomonadalean algae, Hyalomonas oviformis and Hyalogonium fusiforme , reveal different evolutionary stages following the loss of photosynthesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».