Carbapenemase typing and resistance profile of Enterobacteriaceae with reduced sensitivity to carbapenems in a Middle Eastern tertiary care center
Notice bibliographique
Résumé
Objective: nowadays resistant bacteria represent worldwide a public health problem leading in some cases to a stalemate without any possible treatment. Therefore early detection and identification of carbapenemase producing gram-negative bacteria (GNB) is of crucial importance. Consequently we conducted a study in a tertiary care hospital to analyze the resistance phenotype of the carbapenem resistant GNB (CRGNB). Methods: we collected all the CRGNB from September 2014 till January 2016, we took randomly 40/126 strains and performed a sensitivity test in addition to a real time multiplex PCR to detect the exact carbapenemase coding genes (bla SPC , bla IMP1, bla VIM , bla NDM , bla KPC , et bla OXA-48). The studied strains were: Escherichia coli (70%), Klebsiella pneumonia (20%), Enterobacter aerogenes (2,5%), Enterobacter cloacae (2.5%) et Klebsiella oxytoca (2.5%). Results: 100% of the studied strains were intermediate or resistant to ertapenem, 85% intermediate or resistant to imipenem and/or meropenem. 33 / 40 strains (82.5%) are bla OXA-48 positive et one strain (2.5%) is bla NDM positive. the OXA-48 were urinary strains of E coli. 6 / 40 strains (15%) did not express carbapenemase genes in molecular studies. Conclusion: we note a marked emergence of CPGNB especially bla OXA-48 with high resistance pattern leading to narrow therapeutic options. This requires a rapid detection of such strains of GNB so that to initiate quickly the right preventive and therapeutic measures to avoid hospital epidemics with disastrous consequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».