A global high-density chromatin interaction network reveals functional long-range and trans-chromosomal relationships
Notice bibliographique
Résumé
Chromatin contacts are essential for gene-expression regulation, however, obtaining a high-resolution genome-wide chromatin contact map is still prohibitively expensive owing to large genome sizes and the quadratic scale of pairwise data. Chromosome conformation capture (3C) based methods such as Hi-C have been extensively used to obtain chromatin contacts. However, since the sparsity of these maps increases with an increase in genomic distance between contacts, long-range or trans chromatin contacts are especially challenging to sample. Here, we created a high density reference genome-wide chromatin contact map using a meta-analytic approach. We integrate 3600 Human, 6700 Mouse, and 500 Fly 3C experiments to create species-specific meta-3C contact maps with 304 billion, 193 billion, and 19 billion contacts in respective species. We validate that meta-3C are uniquely powered to capture functional chromatin contacts in both cis and trans. Unlike individual experiments, meta-3C gene contacts predict gene coexpression for long-range and trans chromatin contacts. Similarly, for long-range cis-regulatory interactions, meta-3C contacts outperform all individual experiments, providing an improvement over the conventionally used linear genomic distance-based association. Assessing between species, we find patterns of chromatin contacts conservation in both cis and trans and strong associations with coexpression even in species for which 3C data is lacking. We have generated an integrated chromatin interaction network which complements a large number of methodological and analytic approaches focused on improved specificity or interpretation. This high-depth “super-experiment” is surprisingly powerful in capturing long-range functional relationships of chromatin interactions, which are now able to predict coexpression, expression quantitative trait loci (eQTL), and cross-species relationships.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».