MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4220873383 · doi:10.1016/j.gim.2022.02.014

Inherited variants in CHD3 show variable expressivity in Snijders Blok-Campeau syndrome

2022· article· en· W4220873383 sur OpenAlexafffund
Jet van der Spek, Joery den Hoed, Lot Snijders Blok, Alexander J.M. Dingemans, Dick Schijven, Christoffer Nellåker, Hanka Venselaar, Galuh Astuti, Tahsin Stefan Barakat, E. Martina Bebin, Stefanie Beck‐Wödl, Gea Beunders, Natasha J. Brown, Theresa Brunet, Han G. Brunner, Philippe M. Campeau, Goran Čuturilo, Christian Gilissen, Tobias B. Haack, Irina Hüning, Ralf A. Husain, Benjamin Kamien, Sze Chern Lim, Luca Lovrečić, Janine Magg, Aleš Maver, Valancy Miranda, Danielle Monteil, Charlotte W. Ockeloen, Lynn Pais, Vasilica Plăiaşu, Laura Raiti, Christopher M. Richmond, Angelika Rieß, Eva Maria Christina Schwaibold, Marleen Simon, Stephanie Spranger, Tiong Yang Tan, Michelle L. Thompson, Bert B.A. de Vries, Ella Wilkins, Marjolein H. Willemsen, Clyde Francks, Lisenka E.L.M. Vissers, Simon E. Fisher, Tjitske Kleefstra

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurogenetic and Muscular Disorders Research
Établissements canadiensUniversité de MontréalCentre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine
Organismes subventionnairesNational Eye InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilCentre de recherche du CHU Sainte-JustineRadboud Universitair Medisch CentrumMaastricht Universitair Medisch CentrumMax-Planck-GesellschaftUniversität zu LübeckNational Human Genome Research InstituteNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekZonMwUniversiteit MaastrichtRadboud UniversiteitUniversitätsklinikum JenaGriffith UniversityEberhard Karls Universität TübingenEuropean CommissionBroad Institute
Mots-clésExpressivityGeneticsPsychologyMedicineBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: Common diagnostic next-generation sequencing strategies are not optimized to identify inherited variants in genes associated with dominant neurodevelopmental disorders as causal when the transmitting parent is clinically unaffected, leaving a significant number of cases with neurodevelopmental disorders undiagnosed. METHODS: We characterized 21 families with inherited heterozygous missense or protein-truncating variants in CHD3, a gene in which de novo variants cause Snijders Blok-Campeau syndrome. RESULTS: Computational facial and Human Phenotype Ontology-based comparisons showed that the phenotype of probands with inherited CHD3 variants overlaps with the phenotype previously associated with de novo CHD3 variants, whereas heterozygote parents are mildly or not affected, suggesting variable expressivity. In addition, similarly reduced expression levels of CHD3 protein in cells of an affected proband and of healthy family members with a CHD3 protein-truncating variant suggested that compensation of expression from the wild-type allele is unlikely to be an underlying mechanism. Notably, most inherited CHD3 variants were maternally transmitted. CONCLUSION: Our results point to a significant role of inherited variation in Snijders Blok-Campeau syndrome, a finding that is critical for correct variant interpretation and genetic counseling and warrants further investigation toward understanding the broader contributions of such variation to the landscape of human disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,132
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,318
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations31
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueGenetics in MedicineMême sujetNeurogenetic and Muscular Disorders ResearchTravaux en français237 207