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Enregistrement W4220873526 · doi:10.3389/fphys.2022.760404

CryoETGAN: Cryo-Electron Tomography Image Synthesis via Unpaired Image Translation

2022· article· en· W4220873526 sur OpenAlexaff
Xindi Wu, Chengkun Li, Xiangrui Zeng, Haocheng Wei, Hong‐Wen Deng, Jing Zhang, Min Xu

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Physiology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Electron Microscopy Techniques and Applications
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCenter for Machine Learning and Health, School of Computer Science, Carnegie Mellon UniversityNational Institute of General Medical SciencesNational Institute of Mental HealthMark Foundation For Cancer ResearchCarnegie Mellon UniversityNational Science FoundationNational Institutes of HealthAdvanced Micro Devices
Mots-clésComputer scienceArtificial intelligenceImage translationDeep learningTranslation (biology)SuperresolutionGenerative grammarCryo-electron tomographyCryo-electron microscopyImage synthesisImage (mathematics)Generative modelMachine learningPattern recognition (psychology)TomographyChemistryBiologyPhysicsBiophysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cryo-electron tomography (Cryo-ET) has been regarded as a revolution in structural biology and can reveal molecular sociology. Its unprecedented quality enables it to visualize cellular organelles and macromolecular complexes at nanometer resolution with native conformations. Motivated by developments in nanotechnology and machine learning, establishing machine learning approaches such as classification, detection and averaging for Cryo-ET image analysis has inspired broad interest. Yet, deep learning-based methods for biomedical imaging typically require large labeled datasets for good results, which can be a great challenge due to the expense of obtaining and labeling training data. To deal with this problem, we propose a generative model to simulate Cryo-ET images efficiently and reliably: CryoETGAN. This cycle-consistent and Wasserstein generative adversarial network (GAN) is able to generate images with an appearance similar to the original experimental data. Quantitative and visual grading results on generated images are provided to show that the results of our proposed method achieve better performance compared to the previous state-of-the-art simulation methods. Moreover, CryoETGAN is stable to train and capable of generating plausibly diverse image samples.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,408
Score d'incertitude au seuil0,861

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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