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Enregistrement W4220874070 · doi:10.1038/s41467-022-29132-8

Aegilops sharonensis genome-assisted identification of stem rust resistance gene Sr62

2022· article· en· W4220874070 sur OpenAlexaff
Guotai Yu, Oadi Matny, Nicolas Champouret, Burkhard Steuernagel, Matthew Moscou, Inmaculada Hernández‐Pinzón, Phon Green, Şadiye Hayta, Mark A. Smedley, Wendy Harwood, Ngonidzashe Kangara, Yajuan Yue, Catherine Gardener, Mark J. Banfield, Pablo D. Olivera, Cole Welchin, Jamie Simmons, E. Millet, Anna Minz‐Dub, Moshe Ronen, Raz Avni, Amir Sharon, Mehran Patpour, Annemarie Fejer Justesen, Murukarthick Jayakodi, Axel Himmelbach, Nils Stein, Shuangye Wu, Jesse Poland, Jennifer Ens, Curtis Pozniak, Miroslava Karafiátová, István Molnár, Jaroslav Doležel, E. R. Ward, T. Lynne Reuber, Jonathan D. G. Jones, Martin Mascher, Brian J. Steffenson, Brande B. H. Wulff

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Disease Resistance and Genetics
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilDirectorate for Biological SciencesResearch Councils UKGatsby Charitable FoundationTel Aviv UniversityUniversity of MinnesotaGordon and Betty Moore Foundation
Mots-clésStem rustBiologyGenomeGeneGeneticsIdentification (biology)Resistance (ecology)Rust (programming language)Computational biologyBotanyComputer scienceAgronomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The wild relatives and progenitors of wheat have been widely used as sources of disease resistance (R) genes. Molecular identification and characterization of these R genes facilitates their manipulation and tracking in breeding programmes. Here, we develop a reference-quality genome assembly of the wild diploid wheat relative Aegilops sharonensis and use positional mapping, mutagenesis, RNA-Seq and transgenesis to identify the stem rust resistance gene Sr62, which has also been transferred to common wheat. This gene encodes a tandem kinase, homologues of which exist across multiple taxa in the plant kingdom. Stable Sr62 transgenic wheat lines show high levels of resistance against diverse isolates of the stem rust pathogen, highlighting the utility of Sr62 for deployment as part of a polygenic stack to maximize the durability of stem rust resistance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations118
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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