MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4220884950 · doi:10.21203/rs.3.rs-1233380/v2

Spatial and molecular profiling of classic Hodgkin lymphoma reveals an immunosuppressive mononuclear phagocyte network

2022· preprint· en· W4220884950 sur OpenAlexfundno aff
Benjamin J. Stewart, Martin Fergie, Matthew D. Young, Claire Jones, Ashwin Sachdeva, Alex E. Blain, Chris M. Bacon, Vikki Rand, John R. Ferdinand, Kylie R. James, Krishnaa T. Mahbubani, Liz Hook, Nicolaas Jonas, Nicholas Coleman, Kourosh Saeb‐Parsy, Matthew Collin, Menna R. Clatworthy, Sam Behjati, Christopher D. Carey

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilCenters for Disease Control and PreventionNewcastle UniversityUniversity of British ColumbiaWellcome TrustJGW Patterson Foundation
Mots-clésMononuclear phagocyte systemPhagocyteLymphomaProfiling (computer programming)ImmunologyHodgkin lymphomaPeripheral blood mononuclear cellMedicineComputational biologyBiologyComputer scienceImmune systemGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Although a lymph node infiltrated by classic Hodgkin lymphoma (cHL) is mostly composed of nonneoplastic immune cells, the malignant Hodgkin Reed-Sternberg cells (HRSC) successfully suppress an anti-tumor immune response, creating a cancer-permissive microenvironment. Accordingly, unleashing the dormant immune cells, for example by checkpoint inhibition, has been a central focus of recent therapeutic advances for this disease. Despite the efficacy of PD-1 blockade in relapsed cHL, a significant proportion of patients have suboptimal or non-durable responses, which may reflect HRSC and microenvironmental adaptation.Here, we profiled the global immune cell composition of normal and diseased lymph nodes by singlecell RNA sequencing, as a basis for interrogating the immediate vicinity of HRSC. We did so regionally and at cellular resolution, using spatial transcriptomics and multiplexed immunofluorescence, on fixed cHL tissue sections. It is established that tumor associated macrophages (TAMs) are associated with inferior outcomes following combination chemotherapy, but the function, interactions, and distribution of TAMs, and other mononuclear phagocytes, have not been fully explored.Our analyses revealed specific immune cells and functional states associated with HRSC. We discovered a non-random spatial organization of immunoregulatory mononuclear phagocytes (TAMs and classical monocytes) around HRSC, which express the immune checkpoints PD-L1, TIM-3, and the tryptophan-catabolizing protein IDO1. Dendritic cells (DC), key antigen presenting cells, are regionally polarized according to subtype. Specific DCs are spatially associated with the HRSC ‘neighborhood’ (cDC2), but plasmacytoid DCs and ‘activated’ DCs are excluded. These findings provide a basis for rational targeting and activation of the anti-tumor immune response in cHL.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,000
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,335
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueResearch SquareMême sujetSingle-cell and spatial transcriptomicsTravaux en français237 207