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Enregistrement W4220944106 · doi:10.1021/acs.jctc.2c00109

Osmotic Method for Calculating Surface Pressure of Monolayers in Molecular Dynamics Simulations

2022· article· en· W4220944106 sur OpenAlexafffund
Rafael Maglia de Souza, Fábio Cavalcante Romeu, Mauro C. C. Ribeiro, Mikko Karttunen, Luís Gustavo Dias

Notice bibliographique

RevueJournal of Chemical Theory and Computation · 2022
Typearticle
Langueen
DomainePhysics and Astronomy
ThématiqueSpectroscopy and Quantum Chemical Studies
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorCanada Research Chairs
Mots-clésSurface tensionMonolayerSurface pressureOsmotic pressureMolecular dynamicsSurface (topology)Pulmonary surfactantIonic bondingMoleculeThermodynamicsAtmospheric pressureChemistryMaterials scienceChemical physicsMechanicsNanotechnologyPhysicsComputational chemistryIonMathematicsOrganic chemistryGeometry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Surface pressure is a fundamental thermodynamic property related to the activity of molecules at interfaces. In molecular simulations, it is typically calculated from its definition: the difference between the surface tension of the air-water and air-surfactant interfaces. In this Letter, we show how to connect the surface pressure with a two-dimensional osmotic pressure and how to take advantage of this analogy to obtain a practical method of calculating surface pressure-area isotherms in molecular simulation. As a proof-of-concept, compression curves of zwitterionic and ionic surfactant monolayers were obtained using the osmotic approach and the curves were compared with the ones from the traditional pressure tensor-based scheme. The results shown an excellent agreement between both alternatives. Advantageously, the osmotic approach is simple to use and allows to obtain the surface pressure-area isotherm on the fly with a single simulation using equilibration stages.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,300 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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