Global soil microbiomes: A new frontline of biome‐ecology research
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim Organisms on our planet form spatially congruent and functionally distinct communities, which at large geographical scales are called “biomes”. Understanding their pattern and function is vital for sustainable use and protection of biodiversity. Current global terrestrial biome classifications are based primarily on climate characteristics and functional aspects of plant community assembly. These and other existing biome schemes do not take account of soil organisms, including highly diverse and functionally important microbial groups. We aimed to define large‐scale structure in the diversity of soil microbes (soil microbiomes), pinpoint the environmental drivers shaping it and identify resemblance and mismatch with existing terrestrial biome schemes. Location Global. Time period Current. Major taxa studied Soil eukaryotes and prokaryotes. Methods We collected soil samples from natural environments world‐wide, incorporating most known terrestrial biomes. We used high‐throughput sequencing to characterize soil biotic communities and k ‐means clustering to define soil microbiomes describing the diversity of microbial eukaryotic and prokaryotic groups. We used climatic data and soil variables measured in the field to identify the environmental variables shaping soil microbiome structure. Results We recorded strong correlations among fungal, bacterial, archaeal, plant and animal communities, defined a system of global soil microbiomes (producing seven biome types for microbial eukaryotes and six biome types for prokaryotes) and showed that these are typically structured by pH alongside temperature. None of the soil microbiomes are directly paralleled by any current terrestrial biome scheme, with mismatch most substantial for prokaryotes and for microbial eukaryotes in cold climates; nor do they consistently distinguish grassland and forest ecosystems. Main conclusions Existing terrestrial biome classifications represent a limited surrogate for the large‐scale diversity patterns of microbial soil organisms. We show that empirically defined soil microbiomes are attainable using metabarcoding and statistical clustering approaches and suggest that they can have wide application in theoretical and applied biodiversity research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».