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Enregistrement W4221024118 · doi:10.1101/2022.03.11.484026

Identification of unusually disulphide-bonded insulin forms using mass spectrometry and thermolysin cleavage

2022· preprint· en· W4221024118 sur OpenAlexafffund
Dillon Jevon, Kyung‐Mee Moon, Leonard J. Foster, James D. Johnson

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic function and diabetes
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesGenome British ColumbiaUniversity of AlbertaGenome Canada
Mots-clésInsulinEndoplasmic reticulumDiabetes mellitusEndocrinologyType 2 diabetesChemistryInternal medicineBiochemistryBiologyMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Insulin is an essential hormone made by the pancreatic beta-cells in the islets of Langerhans. Beta-cells produce more insulin protein than virtually all other cellular proteins combined. Dysfunction in the process of insulin synthesis can lead to disease, including rare forms of monogenic diabetes. Specifically, aberrant intra-insulin and inter-insulin disulphide bonds have been implicated in the pathology of type 1 diabetes and type 2 diabetes, respectively. In type 1 diabetes, misprocessed insulin isoforms may be neoepitopes that kick-start and/or exacerbate the auto-immune response. In type 2 diabetes, aberrant disulphides form insulin dimers that can clog the endoplasmic reticulum and contribute to beta cell dysfunction. To facilitate the study of novel and known insulin neoepitopes and dimers, we present an unbiased and rapid technique for identifying insulin disulphide patterns from pancreatic islet extracts. The basis of this method is the cleavage between insulin’s cysteine residues with the metalloprotease, thermolysin, and subsequent identification of cysteine containing fragments and their partner peptides by LC-MS/MS. Using this technique, we identify 6 aberrant disulphide bonded insulin species, including a previously described type 1 diabetes neoepitope, as well as inter-chain disulphide bonded insulin dimers. Furthermore, using the endoplasmic stress inducer, thapsigargin, we observe increased disulphide errors in a patient donor sample. This approach lays foundations to identify the scope and cause of aberrant insulin disulphide formation in health and disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,245
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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