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Enregistrement W4221039064 · doi:10.1038/s41467-022-29016-x

The aberrant upregulation of exon 10-inclusive SREK1 through SRSF10 acts as an oncogenic driver in human hepatocellular carcinoma

2022· article· en· W4221039064 sur OpenAlexafffund
Cunjie Chang, Muthukumar Rajasekaran, Yiting Qiao, Heng Dong, Yu Wang, Hongping Xia, Amudha Deivasigamani, Minjie Wu, Karthik Sekar, Hengjun Gao, Mengqing Sun, Yuqin Niu, Qian Li, Tao Lin, Z. Yan, Menglan Wang, Shasha Chen, Shujuan Zhao, Dajing Chen, Lina Li, Fan Yang, Haojin Gao, Baodong Chen, Ling Su, Liang Xu, Ye Chen, Veerabrahma Pratap Seshachalam, Gongxing Chen, Jayantha Gunaratne, Wanjin Hong, Junping Shi, Gongying Chen, David S. Grierson, Benoı̂t Chabot, Tian Xie, Kam M. Hui, Jianxiang Chen

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensUniversité de SherbrookeUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Science Foundation of Zhejiang ProvinceCanadian Institutes of Health ResearchNational Natural Science Foundation of ChinaNational Medical Research CouncilMedical Research CouncilServier
Mots-clésExonRNA splicingAlternative splicingSplicing factorBiologyNonsense-mediated decayCancer researchRegulatorMinigeneDownregulation and upregulationSR proteinRNA-binding proteinCell biologyMessenger RNAMolecular biologyGeneRNAGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Deregulation of alternative splicing is implicated as a relevant source of molecular heterogeneity in cancer. However, the targets and intrinsic mechanisms of splicing in hepatocarcinogenesis are largely unknown. Here, we report a functional impact of a Splicing Regulatory Glutamine/Lysine-Rich Protein 1 (SREK1) variant and its regulator, Serine/arginine-rich splicing factor 10 (SRSF10). HCC patients with poor prognosis express higher levels of exon 10-inclusive SREK1 (SREK1 L ). SREK1 L can sustain BLOC1S5-TXNDC5 (B-T) expression, a targeted gene of nonsense-mediated mRNA decay through inhibiting exon-exon junction complex binding with B-T to exert its oncogenic role. B-T plays its competing endogenous RNA role by inhibiting miR-30c-5p and miR-30e-5p, and further promoting the expression of downstream oncogenic targets SRSF10 and TXNDC5. Interestingly, SRSF10 can act as a splicing regulator for SREK1 L to promote hepatocarcinogenesis via the formation of a SRSF10-associated complex. In summary, we demonstrate a SRSF10/SREK1 L /B-T signalling loop to accelerate the hepatocarcinogenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,472
Score d'incertitude au seuil0,692

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,330
Écart entre enseignants0,309 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations78
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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