Identification of a novel SARS-CoV-2 variant with a truncated protein in ORF8 gene by next generation sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Using next generation sequencing technology, we identified a novel SARS-CoV-2 variant with a truncated ORF8 protein mutation near the end of the viral genome from nucleotides 27,878 to 27,958. This point mutation from C to T at nucleotide 27,956 changed the amino acid codon CAA (glutamine) to a stop codon, TAA, created a novel stop codon in ORF8 gene, resulting in a much smaller ORF8 protein (26 aa) than the wild type ORF8 protein (121 aa). This variant belongs to Pango lineage B.1.1291, which also contains the D614G mutation in the Spike (S) gene. The B.1.1291 lineage is predominantly circulated in the United States of America (97.18%), although it was also found in other counties (Russia, Canada, Latvia, Chile, India, Japan, Colombia, Germany, Greece, Mexico, and UK). A total of 340 closely related variants to this novel variant were identified in GISAID database with collection dates ranged from 3/6/2020 to 10/21/2020. In addition, a search within NCBI Genbank database found that 108,405 of 873,230 (12.4%) SAR-CoV-2 complete genomes contain this truncated ORF8 protein mutation, indicating this mutation may arise spontaneously in other lineages as well. The wide distribution of this mutation indicates that this truncated ORF8 protein mutation may provide the virus a growth advantage and adaptive evolution.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».