Global Screening and Functional Identification of Major HSPs Involved in PVY Infection in Potato
Notice bibliographique
Résumé
HSP40 (also known as DnaJ), HSP70, and HSP90 are major heat shock protein (HSP) families that play critical roles in plant growth and development and stress adaption. Recently, several members of the three HSP families were reported to be widely involved in the plant host-virus interactions. However, their global expression profiles and core members recruited by viruses are largely unknown. In this study, a total of 89 StDnaJs were identified from a genome-wide survey, and their classification, phylogenetic relationships, chromosomal locations, and gene duplication events were further analyzed. Together with 20 StHSP70s and 7 StHSP90s previously identified in the potato genome, the global expression patterns of the members in 3 HSP families were investigated in 2 potato cultivars during Potato virus Y (PVY) infection using RNA-seq data. Of them, 16 genes (including 8 StDnaJs, 6 StHSP70s, and 2 StHSP90s) were significantly up- or downregulated. Further analysis using qRT-PCR demonstrated that 7 of the 16 genes (StDnaJ06, StDnaJ17, StDnaJ21, StDnaJ63, StHSP70-6, StHSP70-19, and StHSP90.5) were remarkably upregulated in the potato cultivar ‘Eshu 3’ after PVY infection, implying their potential roles in the potato-PVY compatible interaction. Subsequent virus-induced gene silencing (VIGS) assays showed that silencing of the homologous genes of StDnaJ17, StDnaJ21, StHSP70-6, and StHSP90.5 in Nicotiana. benthamiana plants dramatically reduced the accumulation of PVY, which indicated the four genes may function as susceptibility factors in PVY infection. This study provides candidate genes for exploring the mechanism of potato-PVY compatible interaction and benefits breeding work aiming to produce new cultivars with the ability to grow healthily under PVY infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».