Molecular characterization of strawberry vein banding virus from China and the development of loop‑mediated isothermal amplification assays for their detection
Notice bibliographique
Résumé
Strawberry vein banding virus (SVBV) is one of the serious viral pathogens infecting strawberry worldwide. To understand the molecular characterization of SVBV from China, complete genome sequences of sixteen SVBV isolates were cloned and sequenced. Sequence comparison showed they shared high nucleotide sequence identity (93.6-99.5%) with isolates from China and Japan (96.6-98.4%), while relatively low identity with the isolates from Canada (91.9-93.7%) and USA (85.5-85.9%). Phylogenetic analyses based on the complete genome sequence or coat protein (CP) gene showed the SVBV isolates clustered into three clades correlated with geographic distribution. Recombination analyses identified 13 recombinants and 21 recombinant events, indicating frequent and multiple recombinations in SVBV evolution. Furthermore, a sensitive loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method was developed for rapid detection of SVBV isolates, which could be especially suitable for seedling propagation, virus-free culture and routine diagnostics in field investigation. This study offers new understanding of the molecular evolution and may help to improve the management of SVBV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».