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Enregistrement W4223491992 · doi:10.18653/v1/2022.bionlp-1.2

A sequence-to-sequence approach for document-level relation extraction

2022· article· en· W4223491992 sur OpenAlexafffund
John Giorgi, Gary D. Bader, Bo Wang

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueTopic Modeling
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity Health NetworkVector InstituteUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthCompute CanadaCanadian Institute for Advanced Research
Mots-clésComputer sciencePipeline (software)CoreferenceRelationship extractionSequence (biology)Task (project management)SentenceRelation (database)Information extractionNatural language processingCode (set theory)Information retrievalArtificial intelligenceNamed-entity recognitionData miningResolution (logic)Programming languageSet (abstract data type)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Motivated by the fact that many relations cross the sentence boundary, there has been increasing interest in document-level relation extraction (DocRE).DocRE requires integrating information within and across sentences, capturing complex interactions between mentions of entities.Most existing methods are pipelinebased, requiring entities as input.However, jointly learning to extract entities and relations can improve performance and be more efficient due to shared parameters and training steps.In this paper, we develop a sequence-tosequence approach, seq2rel, that can learn the subtasks of DocRE (entity extraction, coreference resolution and relation extraction) end-toend, replacing a pipeline of task-specific components.Using a simple strategy we call entity hinting, we compare our approach to existing pipeline-based methods on several popular biomedical datasets, in some cases exceeding their performance.We also report the first end-to-end results on these datasets for future comparison.Finally, we demonstrate that, under our model, an end-to-end approach outperforms a pipeline-based approach.Our code,

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,036

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,003
Bibliométrie0,0050,005
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,005
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0110,015

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,138
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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