Lifestyle, mating type and mitochondrial genome features of the plant pathogen <i>Calonectria hawksworthii</i> (Hypocreales, Nectriaceae) as revealed by genome analyses
Notice bibliographique
Résumé
In 2019, fungal necrotic spots were observed on the cotyledons of grafted avocado (Persea americana) seedlings from a nursery in Ventura County, California. Morphology and comparison of DNA sequences from eight loci identified the isolate as Calonectria hawksworthii, a species in the Nectriaceae not yet recorded in the United States. Calonectria hawksworthii is a necrotrophic fungal pathogen in the C. cylindrospora species complex. Most species in this group are associated with Eucalyptus, but the type host for C. hawksworthii is waterlilies (Nelumbo nucifera). In this study, the C. hawksworthii genome was sequenced using Illumina technologies. The draft assembly of 64.8 Mb contained 18 703 predicted gene models, of which 70% could be assigned to a GO functional category. The mating type loci indicated this species is heterothallic. Approximately, 3.79% of the draft genome consists of transposable elements (TE), and close to 36% of the predicted proteins were homologous to those known to be involved in pathogenicity in other fungal species. The C. hawksworthii genome displays elements typical of a necrotrophic lifestyle based on the composition of predicted genes encoding for carbohydrate-active enzymes, number of predicted secretory proteins including effectors, secondary metabolite biosynthesis clusters and cytochrome oxidase P450 (CYP) genes. The annotated mitochondrial genome was found to be 35.7 kb with very few intra or intergenic introns. This report constitutes the first draft genome of a Calonectria species belonging to the C. cylindrospora species complex, as well as the first report of C. hawksworthii species occurring in the United States on avocado.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».