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Enregistrement W4223648791 · doi:10.1016/j.ajhg.2022.03.002

Germline variants in tumor suppressor FBXW7 lead to impaired ubiquitination and a neurodevelopmental syndrome

2022· article· en· W4223648791 sur OpenAlexaff
Sarah Stephenson, Gregory Costain, Laura E.R. Blok, Michael Silk, Thanh Nguyen, Xiaomin Dong, Dana E. Alhuzaimi, James J. Dowling, Susan Walker, Kimberly Amburgey, Robin Z. Hayeems, Lance H. Rodan, Marc A. Schwartz, Jonathan Picker, Sally Ann Lynch, Aditi Gupta, Kristen Rasmussen, Lisa A. Schimmenti, Eric W. Klee, Zhiyv Niu, Katherine Agre, Ilana Chilton, Wendy K. Chung, Anya Revah‐Politi, Ping Yee Billie Au, Christopher Griffith, Melissa Racobaldo, Annick Raas‐Rothschild, Bruria Ben Zeev, Ortal Barel, Sébastien Moutton, Fanny Morice‐Picard, Virginie Carmignac, Jenny Cornaton, Nathalie Marle, Orrin Devinsky, Chandler L. Stimach, Stephanie Burns Wechsler, Bryan E. Hainline, Katie Sapp, Marjolaine Willems, Ange‐Line Bruel, Kerith‐Rae Dias, Carey‐Anne Evans, Tony Roscioli, Rani Sachdev, Suzanna E.L. Temple, Ying Zhu, Joshua Baker, Ingrid E. Scheffer, Fiona Gardiner, Amy Schneider, Alison M. Muir, Heather C Mefford, Amy Crunk, Elizabeth M. Heise, Francisca Millan, Kristin G. Monaghan, Richard Person, Lindsay Rhodes, Sarah Richards, Ingrid M. Wentzensen, Benjamin Cogné, Bertrand Isidor, Mathilde Nizon, Marie Vincent, Thomas Besnard, Amélie Piton, Carlo Marcelis, Kohji Kato, Norihisa Koyama, Tomoo Ogi, Elaine Goh, Christopher M. Richmond, David J. Amor, Jessica O. Boyce, Angela Morgan, Michael S. Hildebrand, Antony Kaspi, Melanie Bahlo, Rún Friðriksdóttir, Hildigunnur Katrínardóttir, Patrick Sulem, Kāri Stefánsson, Hans T. Björnsson, Simone Mandelstam, Manuela Morleo, Milena Mariani, Marcello Scala, Andrea Accogli, Annalaura Torella, Valeria Capra, Mathew Wallis, Sandra Jansen, Quinten Waisfisz, Hugoline G. de Haan, Simon Sadedin, Sze Chern Lim, Susan M. White, David B. Ascher, Annette Schenck, Paul J. Lockhart, John Christodoulou, Tiong Yang Tan

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensTrillium Health CentreAlberta Children's HospitalUniversity of CalgaryInstitute for Clinical Evaluative SciencesUniversity of TorontoSickKids FoundationHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteHealth Research Council of New ZealandCURE Childhood CancerNational Health and Medical Research CouncilEisaiMurdoch Children's Research InstituteNational Institutes of HealthRoyal Children's Hospital FoundationNational Eye InstituteUCBNational Human Genome Research InstituteGlaxoSmithKline
Mots-clésBiologyFrameshift mutationMissense mutationGeneticsGermlineNeurodevelopmental disorderGermline mutationCancer researchUbiquitin ligaseUbiquitinHypotoniaMutation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Neurodevelopmental disorders are highly heterogenous conditions resulting from abnormalities of brain architecture and/or function. FBXW7 (F-box and WD-repeat-domain-containing 7), a recognized developmental regulator and tumor suppressor, has been shown to regulate cell-cycle progression and cell growth and survival by targeting substrates including CYCLIN E1/2 and NOTCH for degradation via the ubiquitin proteasome system. We used a genotype-first approach and global data-sharing platforms to identify 35 individuals harboring de novo and inherited FBXW7 germline monoallelic chromosomal deletions and nonsense, frameshift, splice-site, and missense variants associated with a neurodevelopmental syndrome. The FBXW7 neurodevelopmental syndrome is distinguished by global developmental delay, borderline to severe intellectual disability, hypotonia, and gastrointestinal issues. Brain imaging detailed variable underlying structural abnormalities affecting the cerebellum, corpus collosum, and white matter. A crystal-structure model of FBXW7 predicted that missense variants were clustered at the substrate-binding surface of the WD40 domain and that these might reduce FBXW7 substrate binding affinity. Expression of recombinant FBXW7 missense variants in cultured cells demonstrated impaired CYCLIN E1 and CYCLIN E2 turnover. Pan-neuronal knockdown of the Drosophila ortholog, archipelago, impaired learning and neuronal function. Collectively, the data presented herein provide compelling evidence of an F-Box protein-related, phenotypically variable neurodevelopmental disorder associated with monoallelic variants in FBXW7.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,940
Score d'incertitude au seuil0,326

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations41
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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